黒木玄 Gen Kuroki(@genkuroki)/2020年11月/Page 7

LogNormal(0, 1)と平均を揃えた指数分布の比較 pic.twitter.com/xy5V6bbdBY

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posted at 23:58:55

(｢・ω・)｢ｶﾞｵｰ @bicycle1885

#Julia言語

 gist.github.com/genkuroki/967c...

かなり変更した。

* nonmissingtype
* foreach
* DataFrame twitter.com/genkuroki/stat... pic.twitter.com/fSNuPBMNDf

タグ： Julia言語

posted at 23:57:21

対数正規分布、左に結構寄ってるのですぐ確率密度ゼロになるかと思いきや結構でかい値が出るので便利

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posted at 23:53:11

あと，ビルドするときに７５GBほどのメモリを消費する． twitter.com/MathSorcerer/s...

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posted at 23:10:26

ミミイカの光るバクテリアの研究という、趣味としか思えない研究がこれほどのすそ野の広い研究を生み出し、様々な新しいコンセプトの治療法まで生み出している。
研究は、趣味みたいなものも大切にした方が、結果的にとんでもない面白いものを生み出す力になる。

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posted at 22:26:42

いまや微生物の研究者は、バクテリアのことを単純な「単細胞」生物だと考えていない。様々な微生物や、我々動物や植物など、多彩な生物と情報をやりとりしてる、複雑な仕組みを備えた生き物なのだと理解している。

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posted at 22:24:57

いったんクオルモンに気づけば、他のバクテリアにも同じ仕組みがあるのだろうか？まさか病原菌にね？と思って調べたら、あった！しかもドンピシャで、毒素を作る信号として働いてる！善玉菌は抗生物質そのものがクオルモンだった！発見の連続。

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posted at 22:23:00

しかもクオルモンは、25メートルプールに涙一滴みたいな超低濃度で働く物質。病原菌や善玉菌の研究だけしていたら、もっと目立つ物質に目を奪われて、クオルモンには気づきにくい。
ミミイカの光るバクテリアという、役に立たない研究だったから、クオルモンに気づけた。

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posted at 22:21:10

なぜか。病原菌みたいな、気になるバクテリアの研究をしていると、ついつい毒素みたいな目立つものばかり研究してしまう。善玉菌みたいな研究をしていると、ついつい抗生物質みたいなすぐ役に立つ物質に目を奪われてしまう。

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posted at 22:19:12

科学は、「何でだろう？」という趣味みたいなものを原動力で進めた方が、結果的に学問の体系を根底から問い直すような新たな発見につながることが早くなる。ミミイカの研究がクオルモンの存在を明らかにしなければ、腸内細菌の研究と理解はずいぶん違ったものになり、見当違いも多く起きただろう。

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posted at 22:17:01

腸内細菌の研究は、いわばミミイカの光るバクテリアの研究に支えられている。もし「何でこのイカは光るんだろう？」という趣味みたいな研究が行われていなければ、クオルモンの発見はもっと時間がかかったかもしれない。そうなれば、腸内細菌の理解も進まなかったかもしれない。

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posted at 22:13:45

いまや、食物アレルギーやアトピーなどのアレルギー症状ばかりでなく、うつ病や自閉症などとも、腸内細菌は深く関わることが明らかになりつつある。
糞便移植という、一種乱暴で原始的と批判されても不思議ではない治療法が支持を集めているのは、クオルモンの研究で微生物を群集として捉えるから。

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posted at 22:11:53

こうして、バクテリアのコミュニケーションの道具であるクオルモンは、腸内細菌などの微生物群集が、比較的秩序だった活動ができるのを支える重要な情報伝達物質であり、人間や植物などの宿主との間でも情報をやりとりする重要な役割を果たしていることが分かった。

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posted at 22:08:48

しかも、クオルモンを使った情報伝達システムは、バクテリア同士だねではなかった。植物はmimicという、クオルモンに似た物質を分泌してバクテリアの活動を制御していた。また、病原性大腸菌O157は、人間のホルモンであるアドレナリンをクオルモンのように感じ取る仕組みを持っていた。

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posted at 22:06:09

いわゆる善玉菌も、クオルモンを介して様々なバクテリアとコミュニケーションを取っていることが明らかとなった。たとえば乳酸菌はナイシンという抗菌物質を分泌するのだけど、これはクオルモンとして情報伝達物質であることも分かってきた。

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posted at 22:03:52

よくよく研究を進めると、病原菌どころか、ほぼあらゆるバクテリアが、何らかのクオルモンを出し、情報のやりとりをしていることが分かってきた。クオルモンでバクテリアは対話し、バイオフィルムという巨大構造を形成し、あたかも多細胞生物のように活動するという姿が見えてきた。

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posted at 22:01:02

仲間が十分増えたと分かり、毒素をドバッと作るようになる。仲間の数が十分だから、人間の防御システムに負けず、大量の毒素で打ち負かす。クオルモンは、病原性バクテリアが「大人しい菌」から「病原菌」に変身するためのカギになっていた。

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posted at 21:58:41

そのバクテリアが出すクオルモンは、病原菌も分泌していることが分かった。実は病原性バクテリアは、仲間が少ない間は毒素を出さない。クオルモンの濃度が低い間は仲間が少ないことを察知し、ヘタなことはしないよう、大人しくしてる。しかし増殖を重ね、クオルモンの濃度が高まると。

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posted at 21:56:23

仲間が少ないと、細胞の外に分泌したクオルモンの濃度も薄い。仲間が増え、それにあわせてクオルモンの濃度が上昇すると、バクテリアは仲間が増えたことを感じ取り、光る遺伝子を動かす、という仕組みだと分かった。
話がここで終わったら、「イカはそうなのね、終わり」の話。ところが。

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posted at 21:54:23

ところがこのバクテリア、数が少ないと光らない。数が増える（密度が高くなる）と光る。どうやってこのバクテリアは仲間がいることを感じ取ってるのだろう？と不思議に思った研究者は、さらに調べたところ、クオルモンという、ホルモンとかフェロモンのようなものを出してることを発見。

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posted at 21:52:14

ミミイカは手のひらに乗るような、まん丸でかわいいイカ。ダイバーに人気で知られるが、取り立てて役に立たないイカ。そのイカがなぜ光るのか、という、これまた趣味としか思えない研究を始めた人がいた。
研究の結果、イカが光っているのではなく、共生するバクテリアが光ることを突き止めた。

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posted at 21:50:02

世の中に全然役に立たない、趣味としか思えない研究が、とてつもなく人類に貢献する技術体系を育てることになった事例を紹介。
それは、ミミイカという光るイカの研究。これがやがて、アレルギーや心の病にも深く関係する、腸内細菌などの研究にも波及していった。

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posted at 21:47:50

Massimo @Rainmaker1973

The geological history of Earth -- from Pangaea to the present -- in 12 seconds [interactive site: buff.ly/2tfDcio] pic.twitter.com/FyvybXgbD8

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posted at 21:30:30

Kernel @HunterKernel

[M1 Mac動作確認] ベイズ統計モデリングのrstanは、brewでv8をインストール後、ソースからビルドできた。以下の2,3のサンプルコードがRStudio上で動作。

github.com/MatsuuraKentar...

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posted at 21:14:42

@physics303 実は OpenCV 4.5.0 の contrib のmodule に Julia のバインディングを作るプロジェクトが既にあります．（Linux環境でしかビルドが確認できていないというのが欠点ですが）

Ref:
discourse.julialang.org/t/ann-videocap...

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posted at 20:54:28

@MathSorcerer これいいですね！画像/映像処理の研究でもJuliaが使えるようになると喜ぶ人増えそうです！

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posted at 20:48:33

TaKu @takusansu

11分50秒頃
「ここでお話ししたかった事は、このように足し算、引き算、掛け算、割り算一つを書いて答えが出るような問題の形式は、全て知識・技能と考えるという事です」

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posted at 20:45:13

TaKu @takusansu

10分頃
「この問題で、27÷4 と割り算の式が立てられるのは、包含除という除法の意味を理解し、それが用いられている場合について知っているからだと加えるのです。」 pic.twitter.com/gHFi620Uz0

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posted at 20:45:12

おおお #Julia言語 twitter.com/snthotto/statu...

タグ： Julia言語

posted at 20:41:21

@physics303 今は Webカメラから画像を取得してそれを cv2::imshow を呼び出してGUIで表示する機能しかないですが，C++の関数をラップすればできます！

依存関係をこちらで全部マネージしてるので
ユーザーが明示的に apt などで OpenCV のインストールをする必要はないです．

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posted at 20:39:33

@MathSorcerer お，これは，OpenCVで動画を読み込むようなことがjuliaでもできるようになるパッケージですか？

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posted at 20:34:48

#統計あと、小学生レベルの割合の問題を、わざわざベイズの定理というくだらない結果を使って解いて見せて、それが普通であるかのように思わせる教育はやめるべき。

大体において「ベイズの定理」を持ち出す統計学教育はひどいものが多い。

タグ：統計

posted at 20:30:08

#統計さらに現実には、ベイズの定理のような自明でつまらない結果に、「主観確率」というおまけを付け加えて、ベイズの定理と「主観確率」が表裏一体であるかのような誤解を広めている集団が存在するので、教育現場ではきちんと否定しておくことが大事。

タグ：統計

posted at 20:30:07

#統計現実に行われる学校内での統計学教育はすでに広まってしまっているデタラメを打ち消す方向に少しだけバイアスをかけるべきだと思います。

ベイズに定理があたかも重要な定理であると思われている誤解を訂正するためには、ベイズの定理が自明でつまらない結果であることの強調が必要。

タグ：統計

posted at 20:30:06

@physics303 やったーーー

julia> pkg”add gomagoma”

でもできます。

参考までにどうぞ

github.com/terasakisatosh...

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posted at 20:29:56

@MathSorcerer ありがとうございます．
add "github. hogehoge"
でいけました！

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posted at 20:27:56

@physics303 PackageSpec でどうです？

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posted at 20:27:23

あれ，pkg.clone()ってどうやるんだっけ？ pic.twitter.com/g9x2DSsFnn

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posted at 20:25:13

#統計大学の医学部で、小学生レベルの割合の問題について、「ベイズ」「頻度論」のような枠組みで、怪しげな肖像画を引用して教育している事例が以下のリンク先で紹介されている。

これ、普通の神経なら、相当に恥ずかしいことをしています。

学生の側が恥ずかしい教育内容に文句を言うべき。 twitter.com/genkuroki/stat...

タグ：統計

posted at 20:18:25

#統計ある程度以上のレベルを保っていれば(『統計学を哲学する』を好意的に評価する読者はレベルが低過ぎるのでダメ)、統計学と主義・思想・哲学を絡めた議論を楽しくできる可能性があると思いますが、現実の高等教育における統計学教育の内容には相当に問題があるので、そう簡単には実現しない。

タグ：統計

posted at 20:10:47

あ〜る菊池誠(反緊縮)公式 @kikumaco

#統計高田健一さんが一方的に普通に正しい考え方を述べており、アルゴスさんの【頻度主義ではとくに12%を変えるとは思えません】はひどい誤り。

この手の重要な確率が「主義」で変わると誤解している。

数学弱者には「主義に基く統計学はクズなので忘れろ」を徹底しないとまずいと思います。 twitter.com/kimenzan/statu... pic.twitter.com/gCfTbHuj6P

タグ：統計

posted at 20:10:45

前期にやった「統計力学1」の授業ビデオ全45本約10時間のプレイリストです。倍速で見れば5時間。
熱力学の知識を前提として統計力学の導入からグランドカノニカルアンサンブルまで。
こういうのは相性なので、役に立つ人もいると思います。
www.youtube.com/playlist?list=...

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posted at 19:42:13

ceptree @ceptree

リプの方がおもろいのやめて

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posted at 19:41:29

非公開

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posted at xx:xx:xx

寺沢拓敬 @tera_sawa

漫画『ウロボロス』より。ドミニカ共和国とドミニカ国が混在してるねw リーディングスキルテストの販促画像にもこういうミスがあったな。あと、この島の形はドミニカ国じゃないっぽいっすね（ジャマイカ？） pic.twitter.com/tqUGVe7iB6

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posted at 19:37:24

ceptree @ceptree

斉藤ひでみ・現職教師（西村祐二） @kimamanigo0815

精神年齢15+3i才くらい

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posted at 19:34:59

先日NHK東海で放送された「部活から先生がいなくなる日」が、全国で再放送されます。必見です！！

●11/26 (木) 10:15〜10:40
●NHK総合
●出演は内田良・為末大

岐阜県で始まった部活外部化の実際から改革の「ゴール」まで…現時点の最先端が網羅されてます！

▼番組詳細
www2.nhk.or.jp/hensei/program... pic.twitter.com/ROqS0lJvDC

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posted at 19:16:36

【重要】

www.google.com/search?q=%E3%8...

経由で

www.m3.com/open/iryoIshin...
「GoToトラベル」と感染拡大の因果関係について考える
「無防備」なヒトの移動で感染拡大は自明
2020年11月22日　西浦博（京都大学大学院教授）

にアクセスすると読めるんですね。【必読】

「常識的」に感じられる意見だった。

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posted at 19:14:43

信 @5eloNR0

刀を自分の右側に置き、「対面した相手を斬らない」意思表示…からの抜刀術
pic.twitter.com/F89PdjaR2I

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posted at 18:09:16

舞田敏彦 @tmaita77

コロナ禍半年の自殺者数の変化。 pic.twitter.com/OrxnCRDxdp

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posted at 17:52:27

#超算数かけ算順序固定強制指導を氷山の一角とするデタラメな算数に関する考え方をマスターした人達が算数教育の世界で出世できる社会的仕組みが、日本においては100年以上に渡って維持され続けている疑いが強く、そういう大迷惑な人事の流れを改善する方法が現時点ではありません。

タグ：超算数

posted at 17:46:35

#超算数さらに呆れたのは、かけ算順序固定強制指導を正当化するために、すぐにばれる嘘を平気でつく人達がかなりいること。

特に、かけ算順序指導について「学習指導要領に書いてある」というウソは定番。

ここまでひどい嘘付きの集団は珍しいと思う。 twitter.com/genkuroki/stat...

タグ：超算数

posted at 17:39:39

ハッピーイヤー @snthotto

HPCI計画推進委員会で富岳活用にJulia言語の人たちを呼ぼうというコメントあった。
知る人ぞ知る「Universal Differential Equations for Scientific
Machine Learning」論文を読んだところ、この人たちとコラボしたら、すごい世界が待っていると。小並感。
#富岳
 #Julia言語

 www.mext.go.jp/b_menu/shingi/...

タグ： Julia言語富岳

posted at 17:19:15

julia で string から float への変換は parse() を用いる．単にfloat("0.12")とかはダメ pic.twitter.com/qbglKgpW7u

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posted at 17:15:10

TaKu @takusansu

#超算数新学習指導要領に対応した学習評価（小学校算数科）：新学習指導要領編 No38｜NITS 独立行政法人教職員支援機構
www.nits.go.jp/materials/your...
笠井健一氏が、「指導と評価の一体化」のための学習評価に関する参考資料をベースに動画で解説しています。
解説資料は下の方でダウンロード可。

タグ：超算数

posted at 16:57:06

@physics303 #Julia言語

replace_missing_by_mean(X) = replace(X, missing=>mean(skipmissing(X)))

でX全体のmissingを残りの平均で置き換える函数が定義されていれば

F = mapslices(replace_missing_by_mean, A; dims=1) |> X -> Array{typeof(X[end])}(X)

で各列に適用できます。

gist.github.com/genkuroki/967c... pic.twitter.com/uXJLjUBG9h

タグ： Julia言語

posted at 16:25:16

積分定数 @sekibunnteisuu

@LaybackSpin @MofuMedia 数量×単価　なんて普通にありますよ。
twitter.com/genkuroki/stat...

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posted at 16:10:37

不破雷蔵@毎日更新ガベージニュース管理人 @Fuwarin

@physics303 各列ごとに私が紹介した方法を実行すれば、各列ごとにmissingを平均値で置換できます。

missingの平均値での置換は、目的にもよると思いますが、多くの場合に汎化性能を下げると思います。

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posted at 16:00:52

非公開

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posted at xx:xx:xx

“鬼滅の刃”人気で特需　縮小続いた書店市場、4年ぶり拡大の可能性高まる(帝国データバンク)
#Yahooニュース
 news.yahoo.co.jp/articles/bba9b...

タグ： Yahooニュース

posted at 15:17:50

tkasasagi @tkasasagi

My Kuzushiji recognition mobile app using Tensorflow and Flutter project got awarded research grant from Japan Science and Technology, ACT-X: AI powered Innovation/ Creation. I aim to create ML application for general public to preserve Japanese culture.

www.jst.go.jp/kisoken/act-x/... pic.twitter.com/XbPT7IE2qb

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posted at 14:12:41

≡c⌒っﾟωﾟ)っ @Kgm1500

VS CodeのJuliaの拡張機能の調子が悪くてすぐにクラッシュする．なんでだろ

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posted at 11:04:14

大橋眞氏、池田としえ氏の主張の医学的な問題点は、[新しいニセ医学「新型コロナ否認主義」 natrom.hatenablog.com/entry/2020/06/... ]で指摘しています。今後、勉強会の会場提供を依頼された担当者の方のご参考にでもなれば幸いです。

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posted at 09:06:34

「公民館におけるホメオパシーの講習会」問題にも通じる。会場側が、会の内容を事前に把握し医学的な妥当性を判断するのは難しい。どうすればいいのかわからない。弁護士会の担当者は、会の内容がどうであろうとマスク着用や換気といった感染対策は徹底させる、と言ってくださった。

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posted at 08:59:46

会場となった県弁護士会館には事前に注意を促す情報提供をしたが、会員が利用を申請すれば、よほど反社会的な活動ではない限り、会場提供を断るのは難しいらしい。まあ、言論の自由とか集会の自由とかとの兼ね合いもあるだろうし、それはそうなのだろう。よくわかる。

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posted at 08:59:23

宣伝になりかねないので事前にはツイートしなかったが、「新型コロナは存在しない」というニセ医学を提唱する人物の勉強会とその後の集会が、11月23日に福岡で行われた。「コロナは茶番」「マスクを外そう」と主張する人たちが一か所に集まる。東京からの参加者も。勘弁して。 twitter.com/toshi2133/stat...

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posted at 08:58:48

非公開

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非公開

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posted at xx:xx:xx

Wolfram @WolframResearch

.@oliverknill, a @Harvard mathematician, explains how he used the #Wolfram Language to illustrate various theorems. These theorems were discovered by Knill while experimenting with #Mathematica, who later proved the results theoretically. Continue reading: wolfr.am/RdauocDD pic.twitter.com/fIsTlpUQbe

タグ： Mathematica Wolfram

posted at 03:23:09

k @musicisthebest_

コンサルって言葉、いつから時間があり余ってるツイッタービギナーって意味になったの? pic.twitter.com/tYl8a7xesR

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posted at 02:02:11

quantale @quantumAnalyser

届きました！
コンパクトな書籍ながら、導入～初歩～かゆいところに手が届くところまで記載があり驚きました。juliaをCによって高速化したりpythonやRを呼び出したりとという部分も開発上、過去資産を使っていく上で大事なポイントです。活用させていただきます🙂

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posted at 01:52:26

自作パッケージがラズパイ４（Desktop／Lite共に）で動作を確認 .

#Julia言語

 github.com/terasakisatosh...

個人的（趣味用途）にはめっちゃ嬉しい．

タグ： Julia言語

posted at 00:58:58

Erik Engheim @erikengheim

This is a cool solution for drawing in #JuliaLang. #Luxor combined with #MiniFB, lets you easily do vector graphics in separate window. And unlike most #plotting libs, startup times are really fast. You can do animations easily: juliagraphics.github.io/Luxor.jl/stabl...

タグ： JuliaLang Luxor MiniFB plotting

posted at 00:56:41

Erik Engheim @erikengheim

My SDL comment needs some clarification. SDL itself is probably fine from C/C++. However it has become a far more complex and comprehensive lib than when I first used it. 1) API does not Julia friendly with use of union types. 2) Julia wrapper has almost no documentation

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posted at 00:51:04

Erik Engheim @erikengheim