貝粉(@beifen_tw)/2023年03月24日

貝粉

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2023年03月24日(金)

海渡雄一 @kidkaido

23年3月24日

www.datsugenpatsu.org/bengodan/news/...
2011年３月9日、3.11の二日前、福島県中部を含む沿岸に巨大津波を伴う地震がいつ発生してもおかしくはないとの長期評価改訂版が公表される予定だった。しかし、３月３日に、島崎氏の知らない、推本事務局と東電・東北電・日本原電間の秘密会で、この公表が延期された。

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posted at 00:29:32

海渡雄一 @kidkaido

23年3月24日

東日本太平洋沖地震は想定されていた。
3月11日の地震調査委員会では発言者の大半は、公表予定であった推本の改訂版を明らかにし、事前に公表はできなかったが、推本としては3.11地震を想定していたと公表すべきだと意見を述べたが、事務局はこの地震は想定外であったと公表することを押し通した。 twitter.com/kidkaido/statu...

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posted at 00:32:04

ゆかり @yukinoko_samui

23年3月24日

@nakano0316 先生､少しですが年表作ってみました｡1950年から2015年までです｡
自分用のメモ書きが元なので､見づらくて申し訳ありません🙇🏻‍♀️
お役に立つと良いのですが… pic.twitter.com/3EnZIg70LE

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posted at 00:49:18

Koichi Kawakami, 川上浩 @koichi_kawakami

23年3月24日

ステルスオミクロン(見えないオミクロン):
ウイルスのN遺伝子内の代表的なプライマー・プローブのセットを用いたPCR検査で検出できないオミクロン変異株を見つけました。1例でしたが報告の価値があると考え、英文論文にまとめ投稿し査読をうけ、学術誌に掲載されました😊解説をスレッドにつなげます。 twitter.com/koichi_kawakam...

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posted at 04:21:38

Koichi Kawakami, 川上浩 @koichi_kawakami

23年3月24日

2022年10月中旬に大阪はびきの医療センターの森医師により採取された発熱患者の唾液検体は、複数回の核酸検査によりSARS-CoV-2陽性と診断されたものの、N遺伝子内のN1およびN2のプライマー・プローブを用いたPCR検査キットでは検出できませんでした。この不可思議な検体について解析を進めました。

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posted at 04:25:21

Koichi Kawakami, 川上浩 @koichi_kawakami

23年3月24日

その検体を用いてS遺伝子領域のPCRをすると明らかな陽性でした。その配列からオミクロンの亜系統であることがわかりました。

そこで、N遺伝子内に(PCRをはたらかなくする)未知の変異が存在すると考え、N遺伝子のN1領域とN2領域を含む広い範囲をPCRで増やし、塩基配列を決定し、詳細に調べました。

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posted at 04:31:06

Koichi Kawakami, 川上浩 @koichi_kawakami

23年3月24日

図は新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)のN遺伝子の一部の領域、N1とN2、の配列を示しています。

矢印と黄色は、米国CDCがPCR検査に用いるように、と推奨したプライマーと蛍光プローブの配列です。PCR検査では、このプライマーやプローブがはたらいて、ウイルスが検出され陽性であることがわかるのです。 pic.twitter.com/rK7HfBHlG3

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posted at 04:41:21

Koichi Kawakami, 川上浩 @koichi_kawakami

23年3月24日

ところが、大阪で見つかった検体のウイルスはこの黄色の部分に合計3箇所の変異を持っていました(上向き矢印)。

このことから、これらの変異によりN1とN2領域のプローブがはたらかなくなり、これらの領域をターゲットにしたPCR検査キットで、この変異株を検出できなかったのだと考えることができます。 pic.twitter.com/6Z2XaNn3Cy

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posted at 04:48:47

Koichi Kawakami, 川上浩 @koichi_kawakami

23年3月24日

N1領域とN2領域に3個の変異を持つ、この新しい「ステルス(見えない)」オミクロン変異株は、大阪で蔓延していたBF.5から散発的に発生したと考えています。

このような変異株は今後も生じる可能性があるので、PCR検査とゲノム解析で継続的に監視することが大事でしょう。 pic.twitter.com/Zwhbh5JpLq

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posted at 04:51:48

Koichi Kawakami, 川上浩 @koichi_kawakami

23年3月24日

また、患者を未確定診断のまま放置することを避けるために、ウイルスゲノム上の複数の領域を検査することを勧めます。

新たな変異体の出現に応じて検査キットを更新していくことが必要でしょう。新しい変異に対応するのが難しい抗原検査キットと異なり、PCR検査は新しい変異に容易に対応できます。

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posted at 04:55:03

Koichi Kawakami, 川上浩 @koichi_kawakami

23年3月24日

今回見つかった変異株は、全体の配列を見ると、これまで見つかっていないものです。一方、N1領域とN2領域の3個の変異を持つウイルスというのは、データベースを探すと見つけることができました。日本で登録されたウイルスの0.23%が、この３個の変異をもっていることがわかりました(2023年3月1日時点)。 pic.twitter.com/1GFxl18JDI

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posted at 05:04:31

Koichi Kawakami, 川上浩 @koichi_kawakami

23年3月24日

N1およびN2領域のプライマー・プローブセットは、タカラバイオや東洋紡の検査キットで使われています。木下のPCRは東洋紡を使っています。これらの検査キットではこのステルスオミクロンを検出できないでしょう。また検査で見つからないので、全体の0.23%というのは過小評価である可能性があります。 pic.twitter.com/ypk6sqpAZI

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posted at 05:09:36

Koichi Kawakami, 川上浩 @koichi_kawakami

23年3月24日

COVIDのような症状で検査は陰性、という話をちらほら聞きます。このような変異が原因かもしれません。

実は、オミクロンBA.5.2はN1領域の2個の変異をもっています。BA.5.2をタカラバイオのキットで調べるとPCR増幅産物は半分程度になるけれど検出可能です。ステルスオミクロンは検出できません(下図) pic.twitter.com/UMC7Tyka7a

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posted at 05:17:55

Koichi Kawakami, 川上浩 @koichi_kawakami

23年3月24日

以上のような内容の論文をCureusという学術誌に発表しました→www.cureus.com/articles/13731...

ここまで読んで下さってありがとうございます。
質問がありましたら何なりと😊

遺伝研へのご寄附による研究支援に感謝します🙇‍♂️ pic.twitter.com/KEaRcPwvJI

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posted at 05:23:47