黒木玄 Gen Kuroki
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- 自己紹介 私については https://twilog.org/genkuroki と https://genkuroki.github.io と https://github.com/genkuroki と https://github.com/genkuroki/public を見て下さい。
2020年09月18日(金)
Cases where pure Julia code outperforms C and Fortran: ocw.mit.edu/courses/mathem...
#JuliaLang #DynamicTyping #clanguage #fortran #performance #programming #HPC
タグ： clanguage DynamicTyping fortran HPC JuliaLang performance programming
posted at 23:42:29
A compelling series of arguments for why you should pick #JuliaLang if you do #scientific computing. "Language X is fast enough for me" isn't a great argument. You don't want to learn a new language while simultaneously solving a difficult problem. #code ocw.mit.edu/courses/mathem...
タグ： code JuliaLang scientific
posted at 23:39:22
Mozillaが21年前にリクエストされたPGPによる暗号化機能を提供。
Better late than Never :-) twitter.com/TheRegister/st...
タグ：
posted at 23:04:20
Twitterは政治家、政治報道記者等に対し選挙を迎えパスワードをリセットする。政治家等に二要素認証の利用を促進し、選挙前の混乱を防ぐ。 twitter.com/verge/status/1...
タグ：
posted at 22:36:00
「適当」は言い過ぎたかも。definite events（たぶん文字列）から始めて、連結・選択・クリーネ閉包の3操作を使って帰納的に定義されるクラスってことなので、ふつうに「規則的」程度の意味でつけたんだと思う。
まあ、最高の名前と思ってたわけでも、特に深い由来があるわけでもなさそうではある。
タグ：
posted at 22:34:13
毒メシの件。ちゃんと声明を出したようだ。ただ、唐揚げ否定だけじゃないのは分かってるのかな。問題はああいう巷に溢れる子育て世代への「呪い」のようなトンデモ理論を広めるのに加担したこと。出版物も含め、KADOKAWAは全体としてそのあたりの価値判断が甘すぎる。毒ばかりだよ twitter.com/lettuce__club/...
タグ：
posted at 22:28:51
@norikushi77 Juliaだったら
X = Array{Float64, 2}(undef, 3, 3)
であらかじめ確保できます
docs.julialang.org/en/v1/base/arr...{UndefInitializer,Any}
タグ：
posted at 22:26:15
"We were happy to discover that these changes made a big difference. With the updates, BioSequences rivals Seq in speed while keeping its advantages of a lower memory footprint and doing data validation."
タグ：
posted at 22:04:32
BioSequences may be more memory efficient and safer to use, we still verified the finding of the Seq authors: Seq really is much faster than BioSequences. That surprised us. Was Seq so fast because of amazing software engineering ... We decided to mimic Seq in Julia."
タグ：
posted at 22:04:32
"When benchmarking different languages, therefore, it is important to write code that is idiomatic in each language before comparing the code in terms of performance, readability or ease-of-writing."
タグ：
posted at 22:04:31
"Of course, benchmarking between languages is a tricky thing. Different languages present different syntax, tools and idioms to the programmer, such that what is efficient and natural in one language may be inefficient and clumsy in another."
タグ：
posted at 22:04:31
"They present Seq, a domain specific compiled language, with the user friendliness of Python, the performance of C, and bioinformatics-specific data types and optimisations. As Julians, we consider their goal to be noble and well worth pursuit."
タグ：
posted at 22:04:31
This is incredibly well-written and I recommend reading it in it's entirety if your interested in programming languages for fast #bioinformatics. #JuliaLang #SeqLang
Notable excerpts below.
biojulia.net/post/seq-lang/ twitter.com/agapow/status/...
タグ： bioinformatics JuliaLang SeqLang
posted at 22:04:30
スキンケア＆皮膚科Info by 皮膚科 @S96405539
@lettuce__club 皮膚科医です。アメリカ食品医薬品局(FDA)が警告を発している『飲む日焼け止め』の宣伝記事を掲載されていますが、FDAの知見を覆すような根拠をお持ちなのでしょうか？是非ご提示いただきたく存じます。それが出来ないようでしたら、謝罪して記事を撤回すべきと存じます。
twitter.com/S96405539/stat...
タグ：
posted at 21:37:58
非公開
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posted at xx:xx:xx
New post: State Space Models Everywhere! Round 1: HSMM - www.juliabloggers.com/state-space-mo... #julialang pic.twitter.com/lXShFYkr5S
タグ： julialang
posted at 21:33:39
大変大変僭越ながら、私も将棋AI「水匠」開発者として、少しだけコメントさせていただきました。是非ご覧ください…。 twitter.com/nhk_n_sp/statu...
タグ：
posted at 21:17:37
スキンケア＆皮膚科Info by 皮膚科 @S96405539
@lettuce__club 皮膚科医です。他にも科学的根拠の無い記事が多いようですが、いつもどのように専門家を選んでいらっしゃるのでしょうか？今後唐揚げについて『専門家』に取材するそうですが、また非専門家を選ばないようにするための対策はございますか？
twitter.com/S96405539/stat...
タグ：
posted at 21:16:00
非公開
タグ：
posted at xx:xx:xx
自分でゴリゴリ書いたn重ループ(inbounds, simd付)より，nloops・nref・nexprsを使って生成したn重ループが速くてびっくりした．Juliaすげー
タグ：
posted at 21:02:38
#Julia言語
using Plots
plot(exp; yscale=:log10, label="") twitter.com/makoto_susys/s... pic.twitter.com/FaJv666fWc
タグ： Julia言語
posted at 20:59:53
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posted at xx:xx:xx
スキンケア＆皮膚科Info by 皮膚科 @S96405539
@lettuce__club 医師です。批判されているのは『唐揚げを否定するコンテンツを掲載したこと』でなく『非科学的なコンテンツを非専門家の監修で掲載したこと』と存じます。監修医師は非標準的な高額治療ばかり宣伝していますが、どのような経緯で御社はこの方を専門家と判断したのでしょうか？
twitter.com/S96405539/stat...
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posted at 20:36:53
Fun little piece: the BioJulia devs challenge the results of a benchmarking, which eventually leads to them making improvements to their own library:
On the performance W& design of BioSequences compared to the Seq language buff.ly/3gb99ll pic.twitter.com/tIcD0FQL2q
タグ：
posted at 20:15:07
格子QCDのSU(3)2フレーバーのウィルソンフェルミオンのFortranからのJulia写経は無事終わって速度もFortran版より速いものができたので、あとはよりJuliaらしい形に変えてみよう。値と速度を変えずにモダンにしたい
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posted at 19:52:08
akima@4th vaccinated @akima9936
#julialang #julia言語
VSCodeにエクステンション入れたら使えるようになった！
本欲しくなってきた・・ pic.twitter.com/e04a5CruTe
posted at 19:23:59
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posted at xx:xx:xx
うっわ…… なんやこれ
脳に炎症起こすなら確かに毒だろうが、学力上がらん程度で済まんやろ。
知らんけど。 twitter.com/io302/status/1...
タグ：
posted at 19:00:02
#Julia言語 すでに使っていたJupyterにJulia kernelを登録できているが、kernel deadで動かない場合であれば、
julia> ENV["JUPYTER"] = raw"使用しているjupyterコマンドのバイナリのフルパス"
pkg> add IJulia
pkg> build IJulia
で問題が解決する可能性が高いです。 twitter.com/ritzberry/stat...
タグ： Julia言語
posted at 18:55:31
#Ruby #Julia言語
AIでruby-signatureを生成する qiita.com/miura1729/item... #Qiita
posted at 17:56:15
#Julia言語 【Before every release, we run a large set of benchmarks and the tests for *all* registered packages.】
「すべてのリリースの前に～登録済みの*すべての*パッケージのテストを走らせています」‼️‼️
すごすぎ。
自作の登録済みパッケージのテストは真剣に書いた方が良さそう。 twitter.com/kristofferc89/...
タグ： Julia言語
posted at 17:20:57
This week my timeline is mostly about #julialang
Love this beautiful language and community! twitter.com/rlmcelreath/st...
タグ： julialang
posted at 17:14:46
加藤公一, 가토우 기미카즈（はむかず） @hamukazu
毒メシ！（2ページ目から読めないけど、削除されたのかなあ）
www.lettuceclub.net/news/article/1...
タグ：
posted at 16:54:54
#Julia言語 私の中では時代遅れのコードになっているのですが
nbviewer.jupyter.org/gist/genkuroki...
反応拡散系 Part 5 (Juliaによる)
twitter.com/waku2011/statu... pic.twitter.com/bBABJgf22h
タグ： Julia言語
posted at 16:54:19
#Julia言語 ambiguityの確認
github.com/JuliaLang/juli...
github.com/JuliaLang/juli...
タグ： Julia言語
posted at 16:45:40
#Julia言語 函数の値の型を推論してチェックしてくれるマクロTest.@ inferred の使用例。実際にはそのソースコード
github.com/JuliaLang/juli...
に興味がある。
gist.github.com/genkuroki/bb88... pic.twitter.com/FDNJUcXbeY
タグ： Julia言語
posted at 16:33:50
ところで最近やっと気づいたですけど小中学生の途中式書かない問題ってあれ途中式書かないんじゃなくて書けないんじゃないですかね
パターン化された式変形を形式的に行ってるだけだからそれ以上の変形過程や説明を求められると脳がバグるみたいな
タグ：
posted at 15:18:36
引用元
www.rand.org/content/dam/ra...
Wikipedia の記述
> Regular expressions originated in 1951, when mathematician Stephen Cole Kleene described regular languages using his mathematical notation called regular events.
en.wikipedia.org/wiki/Regular_e...
タグ：
posted at 15:13:35
正規表現の「正規」の由来を調べたら、クリーネが神経ネットの研究で導入したregular eventだそうな（英語版Wikipediaによる）。
これは適当につけた名前みたいで、1951年の論文に「もっと良い名前の提案を歓迎します」って書いてあった。まさかそのまま世界中のプログラマが使う言葉になるとはね pic.twitter.com/GMbgsORtlL
タグ：
posted at 15:12:00
In case you missed it,
@3blue1brown, @alanedelman, @DavidPSanders, and
@LeiosOSare teaching "Introduction to Computational Thinking with Julia" @JuliaLanguage @MIT @techreview
@MIT. You can see all the course lectures and assignments here: computationalthinking.mit.edu/Fall20/ #JuliaLang
タグ： JuliaLang
posted at 15:05:50
#Julialang for Climate Modeling: The Climate Modeling Alliance has published CliMA 0.1: A First Milestone in the Next Generation of #ClimateModels by Sabrina Pirzada which describes how they are using Julia to build better climate models clima.caltech.edu/2020/06/08/cli...…
#ML #AI #climate
タグ： AI climate ClimateModels Julialang ML
posted at 15:02:57
#Julia言語 添付画像はMITでの講義スライド
ocw.mit.edu/courses/mathem...
より。少なくとも基本特殊函数の実装に関しては、「C/Fortranの方が速い」という意見は完全に間違っています。 pic.twitter.com/CElr8a2lEy
タグ： Julia言語
posted at 14:49:43
#Julia言語 さらにCで書かれた多変数函数の数値積分ライブラリをJuliaで使えるようにして作られたパッケージ
github.com/JuliaMath/Cuba...
よりも、類似のpure Juliaで書かれた数値積分パッケージ
github.com/JuliaMath/HCub...
の方が計算速度が速く、しかも可能な被積分函数の型の範囲が広いです。
タグ： Julia言語
posted at 14:39:13
#Julia言語 多くのソフトはFortran(やC)で書かれた基本特殊函数ライブラリを使っています。
MITでの宿題の答え
nbviewer.jupyter.org/github/steveng...
にあるJuliaで書いた指数積分函数E₁(z)は、scipyで採用しているFortranで書かれたライブラリの5～6倍の速さで計算してくれます。
タグ： Julia言語
posted at 14:34:46
#Julia言語 単純な計算の繰り返しの徹底した職人芸的な最適化の代表例は数値線形代数のライブラリです。
github.com/Sacha0/GemmDem...
A pure-Julia, BLIS-style dgemm demo
でOpenBLASの9割位の速さが出ているのをみると、そういう領域でさえ、Juliaが使える可能性があるように見えます。続く
タグ： Julia言語
posted at 14:28:19
#Julia言語 「さすがにCやFortranの方がJuliaより速いはずなので、計算速度が真に重要な部分はCやFortranで書くべきである」と言いだけな発言を継続的に見かける。
しかし、そのような発言が何らかの筋の通ったスタイルでされている場合を1つも見たことがない。続く twitter.com/genkuroki/stat...
タグ： Julia言語
posted at 14:20:54
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posted at xx:xx:xx
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posted at xx:xx:xx
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posted at xx:xx:xx
The other aspect is that, as the "developers" do more development in Julia and less in C/C++, you will find that your slow code is calling Julia anyway. At which point, you might go, why don't I just use Julia too.
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posted at 12:41:50
An interesting perspective on the why of Julia
I am paraphrasing: "you can continue to use a slower language that relies on external C libraries for performance. But those codes are written by someone, and that someone might be you one day"
ocw.mit.edu/courses/mathem...
#julialang pic.twitter.com/eDjv71jEoY
タグ： julialang
posted at 12:41:49
The Julia artifacts system is much easier to work with then say conda. I had 0 issues with it on Windows and Linux! The same can't be said for other systems.
3/3
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posted at 12:30:42
These libs call OS APIs, hence you can't compose them with Julia functions anyway. So no need to reinvent the wheel.
Also calling them from Julia is so easy thanks to the work of @aviksengupta and others.
The Julia artifacts system makes using them painless!
2/3
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posted at 12:30:41
Julia can solve the two-language problem but it doesn't mean C is no longer needed!
There are nice libraries like SDL and minifb that handle low-level details like drawing to a window in a cross-platform way.
So you can focus on building that 3D game engine in #julialang
1/3
タグ： julialang
posted at 12:30:41
.zshrcでもなく、.Renvironでもなく、/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/etc/Renvironに、JULIA_BINDIR=/Applications/Julia-1.5.app/Contents/Resources/julia/binを追記することで解決した。うーむ…。
タグ：
posted at 11:30:46
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posted at xx:xx:xx
@f_g_zampieri Juno isn't actively developed anymore. Try www.julia-vscode.org. Also, github.com/fonsp/Pluto.jl instead of Jupyter
タグ：
posted at 11:03:49
#Julia言語 Foo{A,B}(a, b)のように{ }付きの函数は
struct f{n} end
f{n}() where n = f{n-1}() + f{n-2}()
f{0}() = 1
f{1}() = 1
のようにも作れます。誰がどう見てもフィボナッチ数の定義。
f{80}()はコンパイル時に計算されるので、ベンチマークで実行時間を計測するとものすごく速い(笑) pic.twitter.com/nbvBXvi0mw
タグ： Julia言語
posted at 09:53:33
#Julia言語 函数 f(x) の値の下限と上限を設定して、はみ出していたらカットするときには、
min(b, max(a, f(x))
とすれば良いのだが、
clamp(f(x), a, b)
とシンプルに書ける。
docs.julialang.org/en/v1/base/mat...
タグ： Julia言語
posted at 09:19:55
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タグ：
posted at xx:xx:xx
#Julia言語 Juliaではユーザー側が比較的容易に自分で「数の型」を定義できる。CやC++の知識抜きに高速計算される数の型を自分で作り出せる。
同様のことはベクトルや行列や多次元配列についても言える。独自の配列の型をユーザー側が気軽に定義可能である。
docs.julialang.org/en/v1/manual/i...
タグ： Julia言語
posted at 08:58:53
#Julia言語 Juliaにおいて自分で数の型を定義したとき、ある種の計算で「その型を成分に持つベクトルを扱うこと」「ベクトルを成分の持つ型」を扱うことのパフォーマンスの違いが気になる場合が出て来る。Juliaのビルトインの複素数型でもその問題は発生する。
対策： github.com/JuliaArrays/St...
タグ： Julia言語
posted at 08:53:13
#Julia言語 ベクトルの足し算や行列のかけ算などでも成分のプロモーションが行われる。(ベクトルや行列のコンストラクタでもそう。)
github.com/JuliaLang/juli...
github.com/JuliaLang/juli...
タグ： Julia言語
posted at 08:45:40
#Julia言語 Juliaでの四則演算では型のプロモーションが行われる. 例えば Int64 型と Float64 型の足し算では自動的に Int64 型の方が Float64 型に変換されてから Float64 の足し算が実行される.
ユーザーが定義した型にはユーザー自身が定義する必要あり。
github.com/JuliaLang/juli...
タグ： Julia言語
posted at 08:39:57
#Julia言語
1 + 2εはD{Int64} 型(整数のdual number型)になる. D(1, 2) と同じ。
E(2.0, 3.0) は自動的に E{Float64} 型(Float64の区間型)になる.
E(2.0, 3.0) + ε は D{E{Float64}} 型(Float64の区間型のdual number型)になる. D(E(2.0, 3.0), E(1.0, 1.0)) と同じ.
twitter.com/genkuroki/stat...
タグ： Julia言語
posted at 08:37:15
#Julia言語
nbviewer.jupyter.org/gist/genkuroki...
My simple dual numbers and intervals
を更新した。目次を付けて、コメントを追加し、計算例を増やした。
タグ： Julia言語
posted at 08:32:29
michio inoue l MATLA @michio_MWJ
さらに地味な話だと・・ カラーマップに turbo 追加。jet 風だけど少し目に優しい？かな。 pic.twitter.com/xkHvJvtozH
タグ：
posted at 08:02:47
#Julia言語 関連
「お遊び」に過ぎない
nbviewer.jupyter.org/gist/genkuroki...
では
a (Real型)
D(a, b) = a + bε (dual number型)
E(a, b) = [a, b] (区間型)
D(E(a,b), E(c,d)) = [a,b] + [c,d]ε (複合型)
を扱っていて、a,b,c,dはFloat{32,64,128}のどれでもよいし、実際にはIntでもよい。 twitter.com/mkashi/status/...
タグ： Julia言語
posted at 02:44:46
#Julia言語 structのデフォルトのコンストラクタ
struct Foo{A, B}
a::A
b::B
end
には
Foo(a, b)
や具体的な型A,Bに関する
Foo{A, B}(a, b)
の2種類のコンストラクタが自動的に定義されている。後者ではA,Bの型にa,bを変換しようとする。
gist.github.com/genkuroki/9d5d... twitter.com/norikushi77/st... pic.twitter.com/ssZPq67Nvc
タグ： Julia言語
posted at 01:36:22
The Julia Language @JuliaLanguage
In case you missed it, @3blue1brown, @alanedelman, @DavidPSanders, and @LeiosOS are teaching "Introduction to Computational Thinking with Julia" @MIT. You can see all the course lectures and assignments here: computationalthinking.mit.edu/Fall20/ #JuliaLang
タグ： JuliaLang
posted at 01:01:27
#Julia言語
1. Float32版のプロット。fはロジスティック写像で、fᵏはそのk個の合成。
2. Float64版
3. Float128版
「お遊び」なので細かいツッコミをされると困るのですが、Juliaがどのように動くかを知るには役に立つ例になっていると思います。
gist.github.com/genkuroki/e916... pic.twitter.com/Fqj6dM5M54
タグ： Julia言語
posted at 00:54:15
#Julia言語
gist.github.com/genkuroki/e916…
添付画像
1. Float32 の x₀=0.338475 に
2. dual number x₀+ε に
3. 区間 [x₀-e, x₀+e] に、
4 そのdual number化 [x₀-e, x₀+e]+ε に
ロジスティック写像を繰り返し作用させた結果。 pic.twitter.com/2PQ0iEunep
タグ： Julia言語
posted at 00:51:31
#Julia言語
gist.github.com/genkuroki/e916...
これはdual numberとも区間とも関係ない。
ロジスティック写像の繰り返しをパラメータaを動かしながらプロットするいつものやつ。 pic.twitter.com/Nd0Z6SamWD
タグ： Julia言語
posted at 00:41:41
#Julia言語 区間についてPlots.jlで使えるプロットレシピを定義してあるので、添付画像のように自動的にプロットされる。 pic.twitter.com/DDLdMKbuga
タグ： Julia言語
posted at 00:36:29
#Julia言語 続き～、Juliaを理解するために役に立つと思います。
dual number 1+2ε と区間 [3, 4] の加減乗除のデモ。 pic.twitter.com/5MXrbwwb59
タグ： Julia言語
posted at 00:32:27
#Julia言語
nbviewer.jupyter.org/gist/genkuroki...
My simple dual numbers and intervals.ipynb
ε²=0を満たす「無限小」を付け加えた数(dual numbers)と区間[a,b]の四則演算を別々に定義し、それらのpromotionルールを適当に定義し、同時に使って計算。
内容のレベル的には「単なるお遊び」ですが～続く
タグ： Julia言語
posted at 00:28:16
Re: RT #Julia言語
AnstractTrees.jl パッケージは神。
Juliaの型達のなす階層構造を理解したい人は
using AbstractTrees
AbstractTrees.children(x::Type) = subtypes(x)
print_tree(Number)
などを試してみるべき。AbstractTrees.jlをaddしていない場合にはエラーメッセージの指示に従う。 pic.twitter.com/Vs9tmYXL7Z
タグ： Julia言語
posted at 00:08:38
