黒木玄 Gen Kuroki
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- Web https://genkuroki.github.io/documents/
- 自己紹介 私については https://twilog.org/genkuroki と https://genkuroki.github.io と https://github.com/genkuroki と https://github.com/genkuroki/public を見て下さい。
2021年04月09日(金)
New post: CUDA.jl 3.0 - www.juliabloggers.com/cuda-jl-3-0/ #julialang pic.twitter.com/8R1iyNWEnw
タグ： julialang
posted at 23:53:16
@petterssonsoftw #JuliaLang is currently most popular in science and engineering. It is among the few languages that is used on super computers. E.g. large astronomy projects, economic simulations and the next generation climate models are all built with Julia. That is large complex stuff.
タグ： JuliaLang
posted at 23:48:03
これの引用retweetにもReplyにも、人の真価が分からぬ人が突撃してきている。優れた人でも、無理解に掣肘されることなく思い定めた職分を全うするのは、実に難しいものだと嘆息する。 twitter.com/ray_fyk/status...
タグ：
posted at 23:25:10
#Julia言語
初期値の設定では、SpecialFunctions.jlのbesselj(l, x0)とその微分の値をカンニング。
問題は微分の値の取得。ForwardDiffs.jlを使って微分。今どき、(f(x+h) - f(h))/h の類で近似するのはダサいです。
添付画像②③を見れば分かる様に誤差も発生している。
gist.github.com/genkuroki/fe5e... pic.twitter.com/7Wd5M0jYjM
タグ： Julia言語
posted at 23:17:50
Crypto Data using AlphaVantatge.jl www.juliabloggers.com/crypto-data-us... #juliabloggers
タグ： juliabloggers
posted at 22:47:49
Writing type-stable Julia code www.juliabloggers.com/writing-type-s... #juliabloggers
タグ： juliabloggers
posted at 22:47:49
A tutorial on igraph for Julia www.juliabloggers.com/a-tutorial-on-... #juliabloggers
タグ： juliabloggers
posted at 22:47:49
私の場合、オンデマンド授業の動画制作は凄く健康を損なうというか、自分の寿命を自分で縮めているなという実感があります。コロナのおかげで専業YouTuberたちの凄さがよく理解できるようになりました😓
タグ：
posted at 22:40:32
@EliasCarv1 @IvanYashchuk It's really a nice package. Simple example below, note the "compilation time" listed in the first result. Also it's very common to use $ interpolation with the btime macro for things you don't want to include in the timing pic.twitter.com/waduSZW3CV
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posted at 22:28:56
New post: Writing type-stable Julia code - www.juliabloggers.com/writing-type-s... #julialang pic.twitter.com/d0EeFl0wki
タグ： julialang
posted at 22:11:10
New post: Hawkes Processes and DIC - www.juliabloggers.com/hawkes-process... #julialang
タグ： julialang
posted at 22:11:03
非公開
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posted at xx:xx:xx
It would be amazing if this could be embedded into larger websites to make interactive blog posts/articles possible where readers can play with the data in real-time.
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posted at 21:10:26
Just watched yesterday's talk from PlutoCon 2021 about PlutoSliderServer.jl - it looks super promising to have interactive sliders on semi-static notebooks. #JuliaLang
www.youtube.com/watch?v=QZ3xlK...
タグ： JuliaLang
posted at 21:09:59
@golgo_sardine @OokuboTact @vecchio_ciao @1027stesc @oyanochikara #超算数 #ドラゴン桜
以前のドラマ見てないので今回の再放送を録画して見ている。このシーンに該当する部分があった。
阿部寛が、「瞬間的に自動的に機械的に、それが数学だ」とか言っている。
俺が数学なら名誉棄損で訴えるね。 pic.twitter.com/woPS9cjGG0
posted at 20:46:53
New post: A tutorial on igraph for Julia - www.juliabloggers.com/a-tutorial-on-... #julialang pic.twitter.com/k7qvQBO1to
タグ： julialang
posted at 20:38:35
yay, I'm super excited to announce the release of JET.jl, a type-level code analyzer for #JuliaLang !
Here is the announcement post at the discourse:
discourse.julialang.org/t/ann-jet-jl-t...
Looking forward to your feedbacks ! :)
タグ： JuliaLang
posted at 20:16:56
MacOS でJulia の Plotsでpyplot()を使うとlibtiffのロードエラーで使えない。
pythonのmatplotlibとPlotsのliftoffバージョン不一致が原因っぽくて先頭で
using PyCall
@ pyimport matplotlib
とかやれば使えたけど。
そもそもPlotsを使わずに素直にPyPlotを使えって話だけど。
タグ：
posted at 19:22:30
@sekibunnteisuu @OokuboTact え？
九州朝日放送の『アサデス』であの馬鹿げたかけ算順序固定強制指導があたかもまともであるかのように語る放送があった？
？？？？？ #超算数
タグ： 超算数
posted at 19:07:16
#Julia言語 Bessel函数のJ_n(x)を微分方程式の解として得る計算が面白そうだったので自分でもやってみました。
初期条件の設定ではカンニングをしています。
ソースコード↓
gist.github.com/genkuroki/fe5e... twitter.com/iitenki_morute... pic.twitter.com/d9XF7KrFr1
タグ： Julia言語
posted at 18:23:48
橋本義武さんの放送大学テキスト「正多面体と素数」を買った。正多面体の頂点、辺、面の数を v, e, f と書くと、v-1, e-1, f-1, だけでなく v+e-1, v+f-1, e+f-1, v+e+f-1 は全部素数かその二乗だって知ってました? 僕は知りませんでした。 pic.twitter.com/S75bQJ6XCf
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posted at 18:20:24
#Julialang #GR backendでの #Plot 時の振る舞いがREPLとipynb (#Jupyter )で異なる問題で今日は2時間ほど費やした。しかも最近行われた1.6へのメジャーアップデート後に発生。pkg modeで「update GR」すべきということがわかった。
posted at 15:34:39
#julialang
狙い撃ち方（shooting method）を用いて２点境界値問題を解いてみた．「Numerical Recipes in C」で解説されてるものなので気になる方はそちらをぜひ．解いたZakharov-Kuznetsov equationはただの趣味．
plotの記述がカッコ悪いのは許して()
github.com/moruten/julia-...
タグ： julialang
posted at 14:57:56
@ryoshihira そうですか、それは残念。下手したら「テレビで言っていたけど掛け算には順序があるんだって」となりかねないですね。
どうもありがとうございます。
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posted at 13:54:51
新入生が入ってきたので、塗装しなおして久しぶりに動かしました。実世界版ダンサー錯視。頭部を注視すると比較的簡単に逆回転になります。 pic.twitter.com/2bS7pjjBrT
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posted at 13:08:59
非公開
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posted at xx:xx:xx
このバリアブルやカラーフォントのこと、フォントの日に最新フォント事情をお話します。フォントフォントうるさいな…wまあでもフォントの日ですからね！4月10日13:00から。ぜひご視聴ください〜！
www.youtube.com/watch?v=QsAEkR...
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posted at 11:48:06
@shafik@hachyderm.io @shafikyaghmour
Programming Language opinions that get you into this situation pic.twitter.com/FJk9AeU8np
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posted at 10:56:06
新アカウントへ引越し中@おびひろ動物園 @obihirozoo
エゾフクロウがただ水を飲んでるだけの動画
#おびひろ動物園
#obihirozoo
#エゾフクロウ
#hokkaidouralowl pic.twitter.com/oXdTjUyNoy
タグ： hokkaidouralowl obihirozoo おびひろ動物園 エゾフクロウ
posted at 10:43:45
非公開
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posted at xx:xx:xx
MU ranakaSei JI | AW @SeijMura
もしやRとPythonが手を取り合ってすばやさアップさせたのがJuliaでは…？
まだちょっとしか触ってないけど，今のところ素晴らしさしか感じない。
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posted at 10:32:31
@iitenki_moruten PP = []
for p in (p1, p2, p3, p4)
prob = ODEProblem(f!, u0, tspan, p)
sol = solve(prob)
P = plot(sol)
push!(PP, P)
end
plot(PP...; size=(800, 500), layout=(2, 2))
という変種もある。 #Julia言語
タグ： Julia言語
posted at 10:15:49
@iitenki_moruten Sol = []
for p in (p1, p2, p3, p4)
prob = ODEProblem(f!, u0, tspan, p)
sol = solve(prob)
push!(Sol, sol)
end
として、Sol[i] の形で解オブジェクトを使うこともあります。
これの変種は幾らでも考えられる。
#Julia言語
タグ： Julia言語
posted at 10:13:35
@genkuroki 教えてくださりありがとうございます！やはりクラスを採用していないのには理由があったんですね！途中で挙げてくださっている本見てみます！
以前あげてくださっていたkuramoto modelの計算も、自分ならcellクラスの中の計算として書いてると思うので、比較しながら勉強させていただきます！
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posted at 09:50:10
@genkuroki もう１つ伺えたらと思って聞くのですが，
sol = solve(prob)
で取得できる ‘sol’ は番号をつけて扱うことはできるのでしょうか．
例えば，
# l=1
sol0 = solve(prob)
# l=1
sol1 = solve(prob)
…
のように．それとも，この考え方自体がjulialangの精神に反するのでしょうか．
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posted at 08:44:17
@genkuroki ひとまず，こんな感じに書き直してみました.
（コードの公開の仕方は問題ないのか？）
アドバイスをいただきありがとうございます．
github.com/moruten/julia-...
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posted at 08:40:43
とりあえずJuliaの文字列フォーマットパッケージを公開してみた。まだまだ機能は足りないが、どんな感じか試すことはできる。
github.com/bicycle1885/Fm...
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posted at 08:38:34
OokuboTact 大久保中二病中年 @OokuboTact
@sekibunnteisuu 番組表によると「大人も知っておきたい“意外”な算数のルール」というタイトルですね
＃超算数
タグ： 超算数
posted at 06:04:33
OokuboTact 大久保中二病中年 @OokuboTact
@sekibunnteisuu 「アサデス 算数」で検索すると、見た人のツイートが見つかりますね
タグ：
posted at 05:41:43
だから、双方とも、特殊が易しい/難しい 一般が易しい/難しい というのは絶対的なものではなく、「ということが多い」程度のことである。
「一般の方が易しい。特殊は難しい」
「いや、逆だ」
という議論はあまり意味がない。
タグ：
posted at 05:16:40
遠山啓も、「一般のn角形よりは三角形の方が易しいから三角形からやるべき」みたいなことを言っている。
私も、行列の標準化や数列の特性方程式は重解がある特殊なケースの方が難しいと認識している。
タグ：
posted at 05:13:40
算数・数学に関しては、原則はほぼ確立している。
易しいことから始めて、徐々に難しくしていく。
水道方式もこれに関しては同様だろうが、何を易しいととらえるのかが、私と異なる。
水道方式は、一般が易しくて特殊が難しい
積分定数は、特殊が易しくて一般が難しい
と捉える。
タグ：
posted at 05:09:39
そう言えば、英語を最初の段階から教えた経験はないな。
ある程度やって来た生徒に、長文の読み方とか指導することはあったけど。
これを好機ととらえるべきなのか・・・
タグ：
posted at 05:05:58
@geekproject github.com/SciML is a good starting point for #SciML with #JuliaLang 😉
posted at 03:38:41
Dr. Chris Rackauckas @ChrisRackauckas
@adamlmaclean @qcb_usc @USCWiSE Thanks! Looks cool. One note though: don't forget to cite your tools!
julialang.org/research/#rese...
sciml.ai/citing/
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posted at 02:38:28
Dr. Chris Rackauckas @ChrisRackauckas
@adamlmaclean @qcb_usc @USCWiSE The repo seems to be private?
タグ：
posted at 02:25:19
@iitenki_moruten #Julia言語 paramの中身を変えながらループを回せば、異なるパラメータについてまとめて微分方程式を解くときには、main()函数の中に入れる必要はないです。
どうせ、solve函数の実行が律速段階になっており、solve函数はすでに函数化されている。
タグ： Julia言語
posted at 02:22:55
@iitenki_moruten #Julia言語 DifferentialEquations.jlの使い方のミニマルな例
この例では p が param になっています。
paramの中身を変えながらループを回せば、異なるパラメータについてまとめて微分方程式を解けます。
ベッセル函数、楽しいですよね！ #数楽
nbviewer.jupyter.org/gist/genkuroki... pic.twitter.com/Jv67IeI5gE
posted at 02:19:48
@iitenki_moruten function main() の行とそれに対応するendの行もいらないです。
大量にループを回す場合にのみ函数の中に入れれば十分です。
タグ：
posted at 02:13:30
We welcome any comments on the preprint! All the code associated with the model is available, tested on #julialang v1.6.0.👇
Thanks to support from @qcb_usc and @USCWiSE
github.com/maclean-lab/Ce...
タグ： julialang
posted at 02:13:24
We also studied extrinsic/intrinsic noise in signaling: found that noise changes not only *variability* of fates among a cell population (as would be expected) but also the *likelihood* of committing to a particular fate, i.e. noise alters cell fate decision-making boundaries! pic.twitter.com/xnXuE9qJrZ
タグ：
posted at 02:13:24
Our model corroborated the results of Hoppe et al. and went further - revealing that cell-cell communication is sufficient to break the symmetry, and initiate cell fate decision-making. pic.twitter.com/sn313lPkf4
タグ：
posted at 02:13:23
This model was able to resolve a controversy in the literature: previous work had assumed that stochastic protein fluctuations can drive lineage choices; Hoppe et al. (Schroeder & @fabian_theis labs) elegantly showed this couldn’t be the case...
www.nature.com/articles/natur...
タグ：
posted at 02:13:22
Oh, to back up a step, the model we studied was the classic GATA1-PU.1 mutual inhibition loop that defines myeloid cell fates (GM vs ME) during hematopoiesis. We considered both consensus signals (“be like me”) and dissensus signals (“be unlike me”) passed between cells. pic.twitter.com/31c0SNqggW
タグ：
posted at 02:13:22
What happened?! I hear you ask. Well, even very subtle changes to the internal GRN dynamics could dramatically alter the cell fate decision-making boundaries…
[plotted here is the probability of each cell committing to GATA1-high state, against the external signal A1] pic.twitter.com/xMtzfndxq7
タグ：
posted at 02:13:22
Previous cell-cell communication models made assumptions, e.g. that communication happens through diffusion… we wanted to resolve discrete signals at the single-cell level, & did so via a Poisson process. pic.twitter.com/umgOsiWZlb
タグ：
posted at 02:13:21
Very excited about this new paper led by fantastic PhD student Megan Franke. We introduce a new modeling framework in #julialang, capable of simulating cell-internal GRNs and cell-cell communication simultaneously.
www.biorxiv.org/content/10.110...
macleanlab.usc.edu/people/megan-f...
タグ： julialang
posted at 02:13:20
@iitenki_moruten #Julia言語 4行目の次の行に
p = (l, k)
を挿入し、6行目の次の行に
l, k = p
を挿入し、17行目の終わりの部分を
, p)
にすれば、引数p経由でパラメータl,kの設定をできます。
可能ならば、スクショではなく、コピペできるテキストでコードを公開して欲しかった。GitHub Gistが便利。
タグ： Julia言語
posted at 02:10:59
@sekibunnteisuu 僕自身ほんの5分ほどしか見ていませんが、おそらく「新学年スタート！大人も知っておきたい“学びのルール”」のコーナーの中かと。出演者への出題形式をとっていたので、掛け算の順序で不正解とされた出演者(6人中5人不正解)の一人が「間違いじゃないよー！」と言っていました
kbc.co.jp/asadesu_kbc/
タグ：
posted at 01:34:24
numpyを使ったベクトル化も「ループ処理の隠蔽」。
juliaだとjuliaさえ知っていればC並に速いプログラムを書ける。
「速いは正義」で総合的な学習コストが大幅に下がります。
juliaではCやC++を書けないど素人がnumpyのように高速に計算してくれるパッケージを自分で開発できます。 twitter.com/noppikinatta/s...
タグ：
posted at 01:33:32
#Julia言語 C++の開発で知られているBjarne Stroustrupさんは、x.f(y,z)のように書いて「オブジェクトがメソッドは保有すること」を強調するスタイルの採用は失敗だったと言っており、多重メソッド=多重ディスパッチ(Juliaが採用)を推しています。 twitter.com/genkuroki/stat...
タグ： Julia言語
posted at 01:13:58
#Julia言語 とはいうものも、クラスベースのオブジェクト指向のデザインパターンについて学び、それと同等のことをJuliaでどのように実行できるかも知っておきたい人もいると思う。そういう人は
www.packtpub.com/product/hands-...
を読むとよいです。Julia特有のパターンの解説もあります。
タグ： Julia言語
posted at 01:08:29
#Julia言語 のコミュニティの discourse.julialang.org には、クラスベースのオブジェクト指向のスタイルへ過学習してしまった人が定期的に挑戦者として現れて、「Juliaもクラスベースのオブジェクト指向を採用しろ」のように述べて、フルボッコにされていることを確認できます。
タグ： Julia言語
posted at 01:02:22
#Julia言語 にはクラスはありません。継承ももちろんない。
Julia自身及びそのパッケージの開発者達が何をやっているかを理解すると、クラスベースのオブジェクト指向がなくても困らないことや、クラスベースのオブジェクト指向のスタイルへの過学習は有害であることがよく分かります。
続く twitter.com/iftianjiar/sta...
タグ： Julia言語
posted at 00:58:49
#Julia言語
さらに
function Base. show(io::IO, x::Dice)
if 1 ≤ x.val ≤ 6
print(io, ("⚀", "⚁", "⚂", "⚃", "⚄", "⚅")[x.val])
else
print(io, "Dice(", x.val, ')')
end
end
と設定すると、Dice型の表示をサイコロにできます。
gist.github.com/genkuroki/90b5... pic.twitter.com/8ELdQw6F9C
タグ： Julia言語
posted at 00:41:09
#Julia言語
X[abs.(X) .≤ 1e-10] .= 0
だと abs.(X) .≤ 1e-10 でメモリ割り当てが発生するので、
@. X = small2zero(X)
より遅くなってしまいます。
Juliaでは配列の取り扱いでのメモリ割り当ての発生が鬼門で、ループの内側でやらかすとびっくりするほど遅くなる場合がある。 twitter.com/physics303/sta... pic.twitter.com/9sYFDeazEw
タグ： Julia言語
posted at 00:27:57
#Julia言語 絶対値が1e-10以下なら0にする函数を書く:
small2zero(x, ε=1e-10) = ifelse(abs(x) ≤ ε, zero(x), x)
配列Aに
A .= small2zero.(A)
または
@. A = small2zero(A)
のように適用する。
やりたいことを分割して、小さな汎用的函数の集まりで問題を解くと楽。 twitter.com/physics303/sta... pic.twitter.com/iB7VTtCtR3
タグ： Julia言語
posted at 00:11:24
