黒木玄 Gen Kuroki
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- Web https://genkuroki.github.io/documents/
- 自己紹介 私については https://twilog.org/genkuroki と https://genkuroki.github.io と https://github.com/genkuroki と https://github.com/genkuroki/public を見て下さい。
2020年09月13日(日)
Dr. Chris Rackauckas @ChrisRackauckas
@kareem_carr @PhDemetri The methods of these fields, like nonlinear mixed effects models, mix statistical methods with nonlinear estimation of dynamical systems, which inherently makes it a hard computational problem requiring high performance and cross-domain expertise + software. #julialang shines.
タグ： julialang
posted at 23:39:29
Dr. Chris Rackauckas @ChrisRackauckas
@kareem_carr @PhDemetri The problem in these domains is that pure machine learning and data science techniques are insufficient models for the system: you need to capture the true nonlinearities for the model to be predictive, and that's just a requirement. Models with diffeqs are toys given that.
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posted at 23:38:35
Dr. Chris Rackauckas @ChrisRackauckas
@kareem_carr @PhDemetri I can't give out too many details, but the business is doing quite fine because speed of estimation of differential equation models is a major concern among most pharmaceutical firms. So there are actual examples of this giving a real business advantages and it's not hypothetical
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posted at 23:36:57
Dr. Chris Rackauckas @ChrisRackauckas
@kareem_carr @PhDemetri The competitive advantage of #julialang in this field has already led to a firm in software for pharmacology, pumas.ai, where the papers on the software won top submission awards back to back at the main conference in the field.
タグ： julialang
posted at 23:35:39
Dr. Chris Rackauckas @ChrisRackauckas
@kareem_carr @PhDemetri power grids (how do you go to green energy? You need effective models of energy flow to counteract the multi-agent production), weather prediction, ... you get the point. This is why most mathematics and engineering degrees require a differential equations course.
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posted at 23:29:46
Dr. Chris Rackauckas @ChrisRackauckas
@kareem_carr @PhDemetri pharmacological systems (pharmacokinetics/pharmacodynamics, so they are predicting the metabolic effects for the covid vaccines and determining the most efficacious doses for subpopulations as we speak), systems modeling (quantitative systems pharmacology, ...
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posted at 23:28:42
Dr. Chris Rackauckas @ChrisRackauckas
@kareem_carr @PhDemetri Differential equations the core model in applied math. They are the way for modeling and analyzing physical equations (climate models, building and automatic models, space weather predictions, etc.), chemical systems (discovery of new materials and catalysts), ...
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posted at 23:27:28
@kareem_carr Julia’s differential equations capabilities are leagues above python’s and R’s (which was never really a contender). See this blog post and the paper it mentions.
@ChrisRackauckas has done an amazing job leading this effort.
www.stochasticlifestyle.com/comparison-dif...
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posted at 23:19:42
@kale_aojiru @genkuroki 経験の浅い教師がきちんと児童にこういう指導をしているかを細かくチェックする、さらに時間の使い方を間違えている指導役がいると思われるのが何とも…
タグ：
posted at 22:17:01
ごまふあざらし(GomahuAzaras @MathSorcerer
#Julia言語
カメラから画像を撮って画像をimshowでGUIを使った表示する単純なデモを追加しました。画像関係のデモをJuliaでしたい人には嬉しいかもです。
個人的にはVideoIO+Makieの組み合わせよりも快適
github.com/terasakisatosh...
タグ： Julia言語
posted at 21:58:28
ごまふあざらし(GomahuAzaras @MathSorcerer
安定版が更新されるとそれ以前のものはメンテされなくなるので、特に事情がなければリリースアナウンスをチェックし適宜バージョンを上げていくのが望ましいです。
#Julia言語
ちなみに1.6は次期のLTSとなる予定です。 twitter.com/hassiweb/statu...
タグ： Julia言語
posted at 21:53:51
教員は忙しいとか言うくせに、こんなどうでもいいことをいちいちチェックして嫌味書く暇はあるんだよね。時間の使い方まちごうてるだけちゃうん？ twitter.com/sirururun/stat...
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posted at 21:16:48
#Julia言語
逆向きの Int64(1.0) もちゃんと 1 を返してくれます。 twitter.com/mat_der_d/stat...
タグ： Julia言語
posted at 18:55:00
@hayabusa_0613 #Julia言語 付け足し。
函数の引数の型宣言の有無が
計算速度に全く影響しないこと
を理解できた人は
それじゃあ、Juliaでは函数の引数の型宣言に
どういう意味があるのか？
と疑問に思うはず。その答えが
multiple dispatch
です。multiple dispatchについてはリンク先を参照。 twitter.com/genkuroki/stat...
タグ： Julia言語
posted at 18:29:08
黒木さんの怒涛のツイートに紛れて私も一言だけ。Juliaが採用しているJITコンパイルは、ネイティブコンパイルより早くなる可能性もある。理由はまさに実行時の環境で最適化が行えるから。最適化のタイミングは遅いほど良い。実行時なのでコンパイルに使える時間の制約はあるけれど。 twitter.com/genkuroki/stat...
タグ：
posted at 18:27:54
@hassiweb #Julia言語 それはすでに時代遅れな話題で、現在の安定版のJulia v1.5.1のREPLでは添付画像のように「多くの人が望むと思われる結果」が得られるようになっています。
詳しい解説についてはリンク先のスレッドを参照。 twitter.com/genkuroki/stat... pic.twitter.com/mNT2hxEFfH
タグ： Julia言語
posted at 18:01:59
@hayabusa_0613 #Julia言語
Juliaでは函数の引数の型宣言を1つも書かなくても(もちろん書いても)、計算速度には影響しません。
この点は徹底的に強調する価値があります。
多くの人が「函数の引数の型宣言を書かないと計算が遅くなるかもしれない」とひどく誤解しています。
タグ： Julia言語
posted at 17:13:09
@hayabusa_0613 #Julia言語 そういう仕組みなので
f(x::Int) = 2x
と書いても、
f(x) = 2x
と書いても、f(3)を実行するときの即時コンパイルの結果は同じになります。
だから、函数の引数の型宣言を書いても、計算速度には何も影響がありません。
タグ： Julia言語
posted at 17:10:35
@hayabusa_0613 #Julia言語 最重要ポイントは
* 函数に引数を与えて実行するときに即時コンパイルして実行する仕組みなので、Juliaのコンパイラは常に引数の型をすべて知っていること
です。例えば
f(x) = 2x
をf(3)と実行すればJuliaのコンパイラはInt型引数の場合についてf(x)をコンパイルして実行する。続く
タグ： Julia言語
posted at 17:08:21
@hayabusa_0613 #Julia言語 gradが実装できたということは、1階の偏微分が全部計算できるということになるので、rotもdivも実装できます。
gradはすでにForwardDiff.jlにあります。
github.com/JuliaDiff/Forw...
それを使ってrotを書くのは自明な作業に過ぎません。 twitter.com/hayabusa_0613/...
タグ： Julia言語
posted at 17:02:29
非公開
タグ：
posted at xx:xx:xx
@hayabusa_0613 #Julia言語 私が素人なので全然理解していないのですが、函数実行時の即時コンパイルの速度を上げるためにものすごく地道な工夫をしているようです。
最近話題になったのは以下のリンク先の話。
julialang.org/blog/2020/08/i...
Analyzing sources of compiler latency in Julia: method invalidations
タグ： Julia言語
posted at 16:57:40
非公開
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posted at xx:xx:xx
New post: Pseudo broadcasting in DataFrames.jl - www.juliabloggers.com/pseudo-broadca... #julialang
タグ： julialang
posted at 16:44:34
@hayabusa_0613 #Julia言語 では
文字列→構文解析の結果→～→ネイティブコード
の途中の様子の各々をワンコマンドで見れます。
色々な場合に確認すれば何をやっているかが直観的にわかって来ると思います。
nbviewer.jupyter.org/gist/genkuroki... pic.twitter.com/JBkmu5JMuQ
タグ： Julia言語
posted at 16:43:03
@hayabusa_0613 #Julia言語 大体こんな感じです。
⭕️Juliaでは手動でのコンパイルは要らない。
⭕️Juliaは函数の実行時に自動的にネイティブコードにコンパイルしてから実行してくれる。
⭕️Juliaでも頑張れば実行ファイルを作れる場合がある。
❌Juliaはコンパイルが要らないインタープリタなのに速い。
続く
タグ： Julia言語
posted at 16:39:21
ごまふあざらし(GomahuAzaras @MathSorcerer
@kdwkshh なるほど今日は別PCで遊んだので速い方で既に遊んでるかもです。
(1.6早くきて欲しい)
タグ：
posted at 16:29:39
@MathSorcerer 嬉しいです :) ちなみにめちゃ良くないハックをしてたみたいで、昨日までのmasterより今のmasterの方が10倍くらい早いので... もし遊ぶならアップデートした方が快適かもです笑
github.com/aviatesk/TypeP...
タグ：
posted at 16:26:22
非公開
タグ：
posted at xx:xx:xx
帯状疱疹ワクチンの導入について(国立感染症研究所)
www.niid.go.jp/niid/ja/allart...
接種回数は１回、費用自己負担、6000円ほど，効果は接種後10～15年。水痘ワクチンを帯状疱疹予防の目的で50歳以上の成人に接種勧告
www2.khsc.or.jp/info/dtl.php?I...
罹って大変な人を見ているのでやっておくことにします。
タグ：
posted at 15:56:17
The J. H. Wilkinson Prize for Numerical Software is awarded every 4 years to honor outstanding contributions in the field of numerical software:
en.wikipedia.org/wiki/J._H._Wil...
#DataScience #programming #computing #JuliaLang #software #softwaredevelopment #coding
タグ： coding computing DataScience JuliaLang programming software softwaredevelopment
posted at 15:53:53
If you have never heard of @JuliaLanguage, you should. It is quintessential 21st century language
The award has very strict eligibility criteria like clarity & depth of the software implementation & analysis of the algorithm:
news.mit.edu/2018/julia-lan...
#JuliaLang #programming
タグ： JuliaLang programming
posted at 15:53:53
非公開
タグ：
posted at xx:xx:xx
僕の知り合いのおじいちゃんが使いもしないのに、fortranの勉強を唐突に始めたり、スパコンの契約結ぼうとしたり、GPUを買い込んで棚に積みっぱなしにしてたから笑えない。 twitter.com/mosko_mule/sta...
タグ：
posted at 15:12:03
#Julia言語 何度も紹介しているpure Juliaの数値積分パッケージの HCubature.jl は扱える値をAbstractFloat型に制限していたのですが、Real型に緩和されていますね。
これはdual numberを使った自動微分を有効にしたい人には必要。
github.com/JuliaMath/HCub...
タグ： Julia言語
posted at 15:07:30
②
教えようとしている概念を単語による識別に矮小化しようとするのは超算数教育でそこかしこに見られる現象。かけ算順序における「かけ算の前の数と答えは単位が同じ」など、概念指導を回避して形式に着目させているわけで、誤った目的と誤った指導法の重複具合が本件と相似形をなす。
タグ：
posted at 15:02:14
プログラミングのイロハのイは、コードの使い回し(貼り合わせ)の技術です。
汎用性の高い函数はプログラムの基本的な部品になる。
多くの異なる環境で作成された高速なライブラリ群の使い回しにおいて、貼り合わせがうまく行くためには、貼り合わせに使う道具自身も高速であることが重要。
タグ：
posted at 14:48:40
遅いが気楽に使える言語によるライブラリ群の貼り合わせは、自分で書いた部分が不都合なくらいの律速段階になると、Cなどの高速な言語での書き直しが強制され、実質的に糊の役目を果たさなくなってしまいます。
それに対して、気楽に使える上に高速な言語による貼り合わせは真の貼り合わせになる。
タグ：
posted at 14:44:39
貼り合わせてに使う言語が遅いと、そのユーザーは、自分で書いたコードの部分が律速段階になっていることに気付いたとき、Cなどでその部分を書き直すことを検討せざるを得なくなります。
そういうことを沢山の人達が強いられて来た。
タグ：
posted at 14:41:17
「は」の機能として、主語を表す場合と、英語の「as for」のような条件を表す場合とがある、ということが理解されてないのでしょう。
学校の国語では教えられてない気もしますが、どうなんでしょう。 twitter.com/sekibunnteisuu...
タグ：
posted at 14:37:05
ごまふあざらし(GomahuAzaras @MathSorcerer
ターミナルAはJulia1.5で
TypeProfiler用のターミナルB（Julia1.6が必要）をつくって両方眺めるようにしておくみたいな運用かな？
タグ：
posted at 14:27:30
ごまふあざらし(GomahuAzaras @MathSorcerer
profile_and_watch_file たのしい。
たしかに実行してエラーになるところを赤文字で警告出してくれる。そしてなおすと変更をウォッチしてくれてるのでTypeProfilerのセッションをたてておけばよい。
#Julia言語
タグ： Julia言語
posted at 14:27:29
ごまふあざらし(GomahuAzaras @MathSorcerer
この例どれだけPythonでがんばれるんだろう（やりたくない） twitter.com/MathSorcerer/s...
タグ：
posted at 14:24:02
非公開
タグ：
posted at xx:xx:xx
#Julia言語 「CやFortranの方がJuliaより速い」というのは単なる思い込みに過ぎないことを示す実例の追加。
なぜか「すごい人」がJuliaで書き直すと速くなる不思議。
pure Juliaの数値積分パッケージHCubature.jlは、本体がCで書かれているCubature.jlより速いです。
github.com/JuliaMath/HCub... twitter.com/cometscome_phy...
タグ： Julia言語
posted at 14:21:17
高三 和晃 / Kazuaki Taka @takasan_san_san
またjuliaのことで @tomosoeoc くんのサポートを受けてしまった。こんなの分からんわ。助かった。
タグ：
posted at 14:17:15
#Julia言語 とC++(など)の本質的な違いについては以下のリンク先の例を参照(リンクしている動画も参照)。
Juliaスタイルのmultiple dispatchでは、他人が作ったパッケージ群を組み合わせて、新たな機能を追加して、自分が保有するリポジトリで公開することが非常に簡単です。 twitter.com/genkuroki/stat...
タグ： Julia言語
posted at 13:59:13
#Julia言語 続き～、公式ドキュメントに「やめろ」と書かれている書き方をせずにもっと効率的なコードを書きたい人は多いと思う。そういう人は以下のリンク先とその直上の部分を見て下さい。
函数の中で使うデータや変更するデータを常に函数に引数として渡すスタイルで、きれいに書けばよい。 twitter.com/genkuroki/stat...
タグ： Julia言語
posted at 13:46:14
#Julia言語 は公式ドキュメント
docs.julialang.org/en/v1/manual/p...
に「やめろ」と書いてあることをやってしまっても、結構高速に計算してくれます。便利！
しかし、C, C++, Fortranと比較するときには公式ドキュメントに「やめろ」と書いてあることを守っているコードであることを確認してからにするべき。
タグ： Julia言語
posted at 13:24:08
#Julia言語 基本的な事柄についてデタラメを言いまくっている人は元々は経済セミナー誌の連載で使われたJuliaのコードを動かそうとしていたみたいです。
私がやればnightly buildでも普通に動く(笑)
そのコードの1つをチェックしたら、使っているパッケージのstructの定義の～続く twitter.com/genkuroki/stat...
タグ： Julia言語
posted at 13:20:29
#Julia言語 この手の話題は興味深いコードの紹介がないとつまらないものになりがち。私は
nbviewer.jupyter.org/github/steveng...
github.com/Sacha0/GemmDem...
を紹介した。前者は最適化の試行錯誤の過程まで見せてくれているので貴重だと思います。
論よりコード！
タグ： Julia言語
posted at 12:52:09
#Julia言語
#Julia言語 宿題の答えでは、マクロによるコードの自動生成によって、誤差の制御と速度の改善を実現しています。試行錯誤が必要なので、最適化にはマクロと視覚化はほぼ必須。
数値計算におけるコードの自動生成の重要性については↓
youtu.be/mSgXWpvQEHE
twitter.com/genkuroki/stat...
タグ： Julia言語
posted at 12:40:43
#Julia言語 しかし、非常に読み易い宿代の答えの解説
nbviewer.jupyter.org/github/steveng...
の内容を理解すれば、Fortranで同じ最適化をやっていなかった理由も想像できます。アセンブラならさらに大変でしょう(笑)。
タグ： Julia言語
posted at 12:35:32
#Julia言語 より複雑な計算の最適化ではどうでしょうか？
私が繰り返し紹介しているMITの講義の宿題の答え(笑)
nbviewer.jupyter.org/github/steveng...
では、scipyなどで使われているFortranで書かれたライブラリの5〜6倍の速さで計算してくれる指数積分函数E₁(z)のJuliaによる実装法が解説されています。
タグ： Julia言語
posted at 12:25:58
#Julia言語 ちなみに、実験的に、Juliaで行列計算のコードを最適化したら、OpenBLASの9割程度の速さが出た、という話があります。
github.com/Sacha0/GemmDem...
この事実から、単純計算の人間の手による最適化可能性については、JuliaとCやFortranは同じ程度だと考えて良さそうです。
タグ： Julia言語
posted at 12:21:31
#Julia言語 は「函数の実行時に just-in-time でネイティブコードにコンパイルして実行する」仕組みです。
実行時に即ネイティブコードまでコンパイルしてくれる環境は他にも沢山あり、現代においては常識の1つでしょう。
www.google.com/search?q=just-...
タグ： Julia言語
posted at 12:04:09
#Julia言語 引用しない方がよいデタラメは添付画像の通り。ほとんどの文が不適切もしくは間違っている。
【Juliaは速度面で（他のインタープリッタと比較して）圧倒的と言うレベルで高速】の「他のインタープリッタと比較して」の部分だけで、本当に何もわかっていないことが分かる。 pic.twitter.com/c5tyLAusmn
タグ： Julia言語
posted at 11:56:21
#Julia言語 Amazonでの対処法は見付けていないのですが、Googleでは
地域：アメリカ合衆国
に設定すると検索上位にJulia言語関係のサイトが表示されるようになります。
あと、デタラメな発言は引用しない方がよいです。
twitter.com/kelangdbn/stat...
タグ： Julia言語
posted at 11:53:30
#Julia言語 Grisuの削除はPrintfを作り直したことの結果なのですが、その作り直したPrintfが原因でおそらくあちこちで問題が発生しています(注意：安定版ユーザーには無関係の話題！)。
例えば添付画像のようになっていることが原因でOptim.jlでの表示でエラーが発生します。
@ printf "%d" Inf 問題 pic.twitter.com/EMzozrgaQx
タグ： Julia言語
posted at 11:22:30
#Julia言語 「えっ！Grisu削除しちゃうの！」という悲鳴については
github.com/JuliaLang/juli...
などを参照(笑)
タグ： Julia言語
posted at 11:17:28
#Julia言語
Julia v1.5.1のgrisu.jl達を使うようにShowoff.jlを改変したもの
github.com/genkuroki/Show...
これをaddしたならnightly buildのJuliaでPlots.jlが使えています。
タグ： Julia言語
posted at 11:14:47
#Julia言語 Plots.jl など多くのパッケージで利用されている Showoff.jl が Grisu 依存だという問題。
Julia v1.5.1 からコピーしたgrisu.jl達を使うようにShowoff.jlを改変すればnightly buildでもPlots.jlなどが動くようになります。
github.com/JuliaGraphics/...
タグ： Julia言語
posted at 11:12:10
#Julia言語 nightly build の方からGrisuが削除され、Printfの内容が大幅に変わっているせいで、nightly build上では多くのパッケージが動かない状態。
ひっさびさに「開発途中の状態であるnightly buildが不安定なのは当然！」という事実を確認できた。 twitter.com/genkuroki/stat...
タグ： Julia言語
posted at 11:04:40
ばぶに言わせればそういう教育の弊害は医学部にも及んでいて、やたらとゴロで覚える人とかいるんですよ👶
#マシュマロを投げ合おう
marshmallow-qa.com/messages/b099a... pic.twitter.com/yslk6jaFcY
タグ： マシュマロを投げ合おう
posted at 10:32:23
そういうの困りますよね👶
#マシュマロを投げ合おう
marshmallow-qa.com/messages/05e23... pic.twitter.com/tP8N0hiKD3
タグ： マシュマロを投げ合おう
posted at 10:25:30
それは市役所にたよったのがグッドジョブでしたねぇ👶いいですね
#マシュマロを投げ合おう
marshmallow-qa.com/messages/34c41... pic.twitter.com/Vqaib1iRnP
タグ： マシュマロを投げ合おう
posted at 10:12:51
Gitpod + SATySFi を使って，ブラウザからスライドが作れるようにしました．README上のリンクを押せば，Gitpodが使える限り誰でも環境構築の手間なくスライドを作成・編集・プレビューできるようになります（多分）．以下は実際にブラウザ上で動かしている様子です pic.twitter.com/muAlgyhl19
タグ：
posted at 08:28:08
twitter.com/g7F1Qqa557AcXT...
【「試験の解答として使う文としては適当とは言い難い」という主張の理由となり得る、というのが、私の結論です。】
と言っている。
タグ：
posted at 06:49:27
twitter.com/g7F1Qqa557AcXT...
これとか、「日本語教師」を自称する人のツイートだよ。
これに続くツイートで
【私が最初に書いた「正しくない」というのは、不適切な表現でした。申し訳ございません。】と一応撤回しているが、
タグ：
posted at 06:48:42
@sekibunnteisuu 「僕はウナギだ」「東京は240人」「札幌は雪だ」等々すべて正しい日本語ですが、「は」が「主語」を表現し、その「主語」が述語に対応しているのが正しいというひどい誤解が蔓延してるてことですかね。「箱の中は1個」が間違いだという人は「札幌は雪だ」などと発言しないのかな。
タグ：
posted at 06:44:07
#Julia言語 どの過程でも、グローバル変数gに格納されたデータが My.rand_dist!(g, L) (ランダム分配の繰り返し) の形で行われています。
ソースコード↓
gist.github.com/genkuroki/05b9...
タグ： Julia言語
posted at 03:00:06
#Julia言語 @ recipe でデータの型のプロットの仕方も定義しています。GIFアニメも作りました。
初期条件は1000人の資産分布が平均1の一様分布。
「その後はランダムに誰かの資産の3%を取り上げて別の人に配る」を繰り返しています。
不平等な一様分布がある程度平等な分布に近付く。 pic.twitter.com/YULPjCTiyu
タグ： Julia言語
posted at 02:58:08
#Julia言語 そのように書くことによってコードを書く分量が増えすぎるならば問題ですが、実際にはそうなりません。具体的な例をリンク
gist.github.com/genkuroki/05b9...
と添付画像で示しておきます。
g = My.GlobalData() で変更可能なデータを用意し、My.rand_dist!(g, L) で内容を更新しています。 pic.twitter.com/z99WiJ3tvJ
タグ： Julia言語
posted at 02:53:08
#Julia言語 型安定性に欠けたコードであってもMATLAB版の30倍以上速くなっているのは、Juliaさん、立派です。
おそらく、普通に @ code_warntype でAnyが出なくなるような書き方にすれば、さらに速くなると思います。
@ code_warntype による確認は非常に重要。 twitter.com/genkuroki/stat...
タグ： Julia言語
posted at 01:22:48
Using CSV.jl to read large files? Make sure that you have set up multi-threading with the JULIA_NUM_THREADS environment variable. And then it goes like a ROCKET!
#julialang #DataScience #CSV
タグ： CSV DataScience julialang
posted at 01:21:36
#Julia言語
github.com/keizai-seminar...
『経済セミナー』「定量的マクロ経済学と数値計算」
連載第8回(2・3月号)
Julia版のノートブック
の型安定性を @ code_warntype で確認してみましたが、見事にAnyのまっかな表示が！
やはり、グローバル変数で函数間の情報のやり取りは鬼門の1つのようだ。
タグ： Julia言語
posted at 01:18:25
これ、m=25はdouble-double intervalみたいな飛び道具が必要なので、doubleの範囲で何とかしようとしてみた。普通に書くとm=16が限界でm=17は決定不能になるが、ちょっと工夫するとm=17, m=18はうまく計算できた。なお有理数計算ではm=16くらいでも計算量的に厳しいはず。
タグ：
posted at 01:13:14
#Julia言語
少なくともJuliaの開発者達は、Juliaで書かれた沢山のパッケージ間の相互利用が非常にうまく行っていると考えていると思います。
Julia言語において、パッケージの開発者間のコミュニケーションのコスパは非常によいと思われます。
続く twitter.com/taleofduckedon...
タグ： Julia言語
posted at 00:07:23
今回の件、国語の専門家や言語学関係の人は何か言っているのかな？
「『箱の中に飴が４個入っています。３個食べると、箱の中は１個になりました。』だと、主語は『箱の中』になるので文法的に間違い」
と言う人が多数いるのは、
国語教育の失敗に思えるけど、どうなの？
タグ：
posted at 00:05:58
