黒木玄 Gen Kuroki
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- 自己紹介 私については https://twilog.org/genkuroki と https://genkuroki.github.io と https://github.com/genkuroki と https://github.com/genkuroki/public を見て下さい。
2021年09月15日(水)
新しい記事がQiitaにアップされました！#Julia言語 #Julia日本語記事
qiita.com/hidemotoNakada...👈
タグ： Julia日本語記事 Julia言語
posted at 00:17:13
@vkclab @chuttenh @OpenAcademics Especially interested if you have any experience / interest in #JuliaLang
タグ： JuliaLang
posted at 00:18:59
If you visit Japan’s Niigata Prefecture during the region’s annual rice harvest, you can easily stumble into these towering sculptures, part of the Wara Art Festival, an event displaying massive creations made from the crop’s leftover straw [see more: buff.ly/3Agxss0] pic.twitter.com/ngDQdPiOG3
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posted at 01:34:11
One of the fun things about just using #julialang IR as the compile target for our Verilog-A runtime, is that you can just turn off semantic validation and write hacky things that are definitely not valid Veriliog-A code :) (for debugging only of course) pic.twitter.com/SySF6V6FIU
タグ： julialang
posted at 05:01:16
Also that I can easily use Revise.jl to hot-reload the model modifications rather than doing whatever ADMS + multi-megabyte C++ file thing people otherwise do. twitter.com/KenoFischer/st...
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posted at 05:17:09
@PrasoonPratham #JuliaLang has a handy `Dates.canonicalize` function builtin to the Dates stdlib pic.twitter.com/BYcLpwMpDI
タグ： JuliaLang
posted at 13:02:00
答えはBCDEGを一つずつ買うなんだと思うけど、
「複数の商品を組み合わせて」→まあ最低2種類は買わなきゃかなとは思うけどそれだとE4つD1つで3900になる。
「一個ずつしか買えない」とは流石に読めないだろー
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posted at 13:24:01
もう何十年も国や県の道路管理者と「やめろ」「やめない」のイタチゴッコを繰り返し、現在まで生き延びてきた彼女たちは、まさに「路上のゲリラ」なのである。
ババヘラは法的には「許可のいらない物品販売」業として県では認められている。
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posted at 16:44:34
How to annoy your high school mathematics teacher:
“I asked you to plot a sine curve!”
“This is a sine curve: y=sin(s), where s is the distance along the curve from (0,0).” pic.twitter.com/cazBGzGc4r
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posted at 16:52:34
ＧＤＰ２次速報で4〜６月期が実質５３９兆円。これまでのピークは消費税上げ直前の５５８兆円。内閣府の統計は過小評価で物価２％達成には約１０兆円の上乗せが必要。名目はもう少し膨らむ。よって今３０兆円超の真水の財政支出が必要。そう岸田さんに申し上げています。
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posted at 19:47:04
今のサンプルサイズの解像度で区別できるモデルって、結構大事な考え方だと思うんだけどあまり意識されていなさそう。２つの正規分布の混合モデルも、サンプルサイズが小さかった２つに分かれているように見えないことは全然ある。
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posted at 19:53:12
#統計 それ大事
* 得られたデータのサイズが小さいと細かな事柄まで記述できるモデルを使っても意味がない。
* データの量が増えて行くと、徐々に分析の解像度も上がって、細かな事柄まで記述しているモデルが意味を持って来る。
みたいな。 twitter.com/stattan/status...
タグ： 統計
posted at 20:17:22
This simple but brilliant infographics by Xkcd shows Earth’s land mammals by total weight [source: xkcd.com/1338/] pic.twitter.com/VjOS7Jr3kj
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posted at 20:30:00
Hiromitsu Takagi @HiromitsuTakagi
eKYCを当人認証にしてはいけない。犯収法が身元確認を緩和したのは利便性を優先し不完全を承知のフィクション基準。我々は犯収法界の慣習である限り生暖かく見守った。だがこれを高精度の顔認証だ空港や口座開設と同じだと虚偽の宣伝が始まり政治が動いたので看過できない。直ちに虚偽の宣伝を止めよ。 twitter.com/nkjm/status/14...
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posted at 21:14:11
Hiromitsu Takagi @HiromitsuTakagi
抜け穴だらけの身元確認方式が出た時、犯収法のフィクションならまあその世界でやってれば？と我々は口出ししなかった。だがどうだ、案の定か誰も予見しなかったか、いよいよあたかも認証機能であるかのような宣伝が始まった。放置すれば認証機能の仕組みが破壊されてしまう。
twitter.com/HiromitsuTakag...
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posted at 21:30:29
ご存知の方も多いかと思いますが、「新型コロナワクチン(mRNAワクチン) 注意が必要な誤情報 (2021年9月7日版)」というのが厚労省のサイトに公開されていました。届くべき人に届きますように。
www.mhlw.go.jp/content/109000... pic.twitter.com/6fBztRQohv
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posted at 22:34:33
Hiromitsu Takagi @HiromitsuTakagi
犯収法の身元確認の緩和は当然に将来のその事態を予見し、それでもなお利便性を優先したものだろう。したがって、これから犯罪者がeKYCの突破を繰り返してくれば、身元確認基準は強化されるし、イタチごっこが世間に見えた時点で緩和は取り消される、一時的な措置に過ぎない。
twitter.com/bakuron/status...
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posted at 22:35:52
2021年09月16日(木)
新しい記事がZennにアップされました！#Julia言語 #Julia日本語記事
zenn.dev/sgthr7/article...👈
タグ： Julia日本語記事 Julia言語
posted at 00:39:46
3 new @NEJM papers today on @Pfizer/@BioNTech_Group vaccine
1. 3rd shot (Booster) in over 1.1 million Israelis, age ≥ 60, > 12 days later
19.5-fold reduction in severe illness
www.nejm.org/doi/full/10.10... pic.twitter.com/dJVU1B9zBa
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posted at 06:01:07
2. 6-month follow-up of the original placebo-controlled trials (adult + teens; > 44,000 participants) showed gradual reduction in efficacy vs symptomatic infections from 96% (fully vaxxed) to 83% (> 4 months)
www.nejm.org/doi/full/10.10... pic.twitter.com/G3jXERXnqV
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posted at 06:01:09
3. Small 3rd shot-> Neutralizing antibody study vs Wild-type and Delta by age group, showing significant increase immune response not much affected by variant or age pic.twitter.com/NcGExP38t6
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posted at 06:01:10
Kudos to strong work by @yinonbaron @MiloLabWIS
@IsraelMOH and their colleagues for rapid peer-review of their data from over 1 million people to shed light on impact of the 3rd shot. The only booster-outcome data that exists right now. 🙏
タグ：
posted at 06:12:02
Presented yesterday at the @OHDSI Symposium. Great time! Here's my poster summary:
Concept showing that using #rprogramming packages with #JuliaLang can significantly improve speeds; could remove barriers to conduct large scale observational #health #research
#OpenScience
1/4 pic.twitter.com/3vnf2Sw7Kw
タグ： health JuliaLang OpenScience research rprogramming
posted at 07:07:59
Remove barriers?
- Researchers with tight funding could achieve high performance on low-cost devices
- Leverage Julia for heavy computation without abandoning established ecosystems in #rprogramming, #Python, etc.
Achieving high performance does not need to mean high cost
2/4
タグ： Python rprogramming
posted at 07:08:00
How is this possible?
Julia's JIT creates machine instructions used in C. Julia uses the ccall function to call functions in a C-exported shared library. If a language supports C-shared library, bridging to languages is possible.
#OpenSource
More: docs.julialang.org/en/v1/manual/e...
3/4
タグ： OpenSource
posted at 07:08:00
What's next?
This was a proof of concept. Moving forward, I'll compare how effective #JuliaLang can be alongside @OHDSI tools to strengthen the OHDSI ecosystem. This could lead to better reproducibility and performance where time saved can = lives saved.
#AcademicChatter
4/4
posted at 07:08:01
P.S. Thanks for much inspiration and past advice to the following: @jon_duke, @Wikunia_de, Dilum Aluthge, Clark C Evans, @ChrisRackauckas, the Julia community, the OHDSI community, and the R community.
タグ：
posted at 07:08:01
Women in Statistics @WomenInStat
DrWatson.jl is great for reproducibility #JuliaLang
Thanks Alan for sharing (and for connecting two themes for this week: Julia and reproducibility)! twitter.com/alan7riva/stat...
タグ： JuliaLang
posted at 07:10:05
昨日から「明日、ブースター接種に関するデータが出るらしい」という噂は回ってきていたのですが、まさかのリアルワールドデータ @ NEJM だったとは…
結果：3回接種者は2回接種者に比べて、感染リスクが11倍、重症リスクが20倍少ない。
ただし、【効果がある≠必要がある】。この点は世界中で議論中 pic.twitter.com/YkeaXksOga
タグ：
posted at 07:21:42
@kozawa15055091 @genkuroki 「縦長行列」と書かれているように、Xは正方ではありませんよ。Xは1列目(1 ,1,...,1,1), 2列目は観測値を全て並べた(x1, x2,...,xn)で、n行2列の行列です。
タグ：
posted at 07:34:09
さらに、ワクチンの長期効果に関するデータも同時掲載されています（www.nejm.org/doi/full/10.10...）。
最近話題の"効果減弱"は、【デルタ出現の影響×経時的な免疫低下】の掛け算で起きていて、実際にどの程度が経時的なものなのかわかっていませんでした
↓
タグ：
posted at 07:50:31
治験早期の参加者を、デルタ拡大前までのタイミングでみたところ、効果は接種直後で96%→4~6か月で84%
個人的には、恐れていたほどには下がってないなという印象です。 pic.twitter.com/XPxXdcuv4P
タグ：
posted at 07:51:45
@usazo @kozawa15055091 #Julia言語 プログラムリストは単に見るのではなく、各行ごとに実行して結果を見る方が分かり易いです。
X = x .^ (0:1)' は(i, 1)成分が x[i]^0 = 1.0 で(i,2)成分が x[i]^1 = x[i] の幅が2の縦長のぎょうれつになります。
x .^ (0:d)' は (i,j) 成分が x[i]^(j-1) の幅が d+1 の行列になる。
続く twitter.com/kozawa15055091... pic.twitter.com/0By4r9Xe2i
タグ： Julia言語
posted at 08:44:43
@usazo @kozawa15055091 #Julia言語 (以下 X' はXの転置)
実際の実装でもX'Xという正方行列を生成していたりしません。
β̂ = (X'X)⁻¹Xyは、X'Xが可逆な場合にのみ使用できるので、数値計算での実装に使うとコーナーケースで死にます。
X'Xが可逆な場合にはそれと同じ結果になります。
github.com/genkuroki/publ... twitter.com/kozawa15055091... pic.twitter.com/etTZEngrjG
タグ： Julia言語
posted at 08:50:10
@usazo @kozawa15055091 #Julia言語 訂正
❌β̂ = (X'X)⁻¹Xy
⭕️β̂ = (X'X)⁻¹X'y
訂正ついでのおまけ。Juliaでは
(X'X)\X'y
や
pinv(X)y
が合法的な式になっています。*を結構省略できる。これ自体も面白いと思います。 pic.twitter.com/4uCWhMEroW
タグ： Julia言語
posted at 08:53:22
#Julia言語 #数値計算 #SDE
SDEの文献達には地雷が埋まっているという話
↓
discourse.julialang.org/t/has-anyone-u...
【The SDE literature is filled with landmines. Proceed with caution.】
posted at 09:19:52
Kame Ron Diaz(San Di @kamesan1959
@yokohama_reiwa 我が家の居候独娘（政治学博士課程）とは、意見が違うようですね。
「いまのドイツでは受け入れられない人」との評価です
twitter.com/yokohama_reiwa...
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posted at 09:27:27
分子あるいは細胞レベルの研究者が怪しげな動物実験を実施して、仮説を検証している論文は山ほどありますが、そもそもそうした慣行が間違いなのでは？という指摘。ライフサイエンス研究の信頼性が危機に瀕している今、必読だと思いました。以下、印象に残るフレーズ。 www.nature.com/articles/d4158...
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posted at 09:27:52
"Forcing exploratory and confirmatory research into a single publication can undermine both, either by stifling the former or corrupting the latter."：ライフサイエンスの論文の一報あたりのデータ量は二倍以上に増加したと見積もられていますが、果たしてそのクオリティは。
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posted at 09:29:20
"neither statistical power nor quality of reporting of individual experiments improve as journal impact increases."：最初はIFの高い雑誌に効果量の大きな論文が登場し、再現が確認されるにつれて、その効果量はわずかであることが判明するという論文が引用されています。
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posted at 09:30:54
"Independence between exploratory and confirmatory work can allow greater freedom for scientists to explore hypotheses, while upholding rigour and preventing bias when they are put to the test."：両方のタイプの研究を一報でまとめることには、たくさんのリスクがあります。
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posted at 09:32:03
"Basic exploratory science would be helped if editorial policies reduced requests for new experiments and refrained from demanding evidence of clinical potential."：そろそろ、この要求はやめて欲しいものです。不適切な動物実験が多すぎます。
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posted at 09:33:26
再現性が高く、頑強な結論を得るためには、研究者の協働が必要ですが、それがスムースに進む上ではたくさんのハードルがあります。資金配分機関が共同研究の枠組みを提供することや、検証的研究に従事した研究者を正しく評価する仕組みが必要です。
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posted at 09:34:51
Hiromitsu Takagi @HiromitsuTakagi
はあ？尊敬？そんなもの要らんわ。 twitter.com/nkjm/status/14...
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posted at 09:57:25
この岩崎先生を最終著者とした論文、ワクチンがどのような機序で他者への二次感染を防ぐと考えられているか、とてもわかりやすく解説してます。 twitter.com/TheLancetInfDi...
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posted at 09:57:35
①細胞に入り感染する前の段階
（筋注ワクチンは感染を防がないという意見が過去に話題になりましたが）mRNAワクチン筋注後に唾液でIgA、IgGともに観察されていて、感染を防ぐ効果がある。②細胞に感染してからもIgG、IgA,T細胞によってウイルス増殖を防ぐ。 pic.twitter.com/nfQhVmBWEI
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posted at 09:57:36
③上気道、下気道内にでてくるウイルス量を減らす。さらに、患者から放出されたウイルスも、抗体に覆われているため、感染性が部分的に落ちているかもしれない。→接種後の患者、未接種後の患者、それぞれに接触した人の調査で検証が必要
タグ：
posted at 09:57:36
④咳やくしゃみなどを伴う有症状感染を防ぐことで、患者から放出されるウイルス量を減らす。現実には有症状の人が自己隔離をしやすく、伝播機会を減らすかもしれないが、疫学的な効果についてはこのレビューでは扱わない。
①－④の複数の機序が合わさって二次感染を防ぐと考えられる。
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posted at 09:57:37
#数楽 良い先生や良い教科書に線形代数を学んでいれば、一般の連立一次方程式についても(実装の詳細に依存しない)普遍的な直観が得られます。
そこに直交射影の直観を追加すれば最小二乗法の話になる。 twitter.com/genkuroki/stat...
タグ： 数楽
posted at 10:56:47
岩永直子 Naoko Iwanaga『言 @nonbeepanda
岡山県のHPVワクチン対策はすごい。あの手この手を使って県民に情報を届けています。トップの気合いが違う。
そして、本気になって取り組めば接種率は回復するのだなということもよくわかります。
他の自治体も真似してほしいです。
www.buzzfeed.com/jp/naokoiwanag... @nonbeepanda
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posted at 11:11:52
#Julia言語 での数値線形代数の実装の様子をソースコード(Juliaで書かれているので読み易い)で確認しても、「逆行列よさようなら」が常識になっていることが分かります。 twitter.com/genkuroki/stat...
タグ： Julia言語
posted at 11:12:14
@kale_aojiru 先送りのあげくあとで取り返しにいこうとしても、「ええ歳してこんな小学生レベルのことアフォくさくてやってられるか。」
ってプライド（それは本当のプライドじゃないと思うけど。）が邪魔して余計に手間ですね。
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posted at 11:22:47
【朗報】
コロナ禍で縮小していた「北京餃子」のメニューが近日復活！
500円ランチも継続中 sendaiminami-tusin.com/pekin-menu/
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posted at 11:56:17
ぼくがPTA関連の言論からフェードアウトしつつあった時期からPTA問題について取材を続けてきた堀内京子さんが「PTA モヤモヤの正体」（筑摩書房）を出されました。ぱらぱらと見ていると親学やTOSSなどへの言及のページが目についた。そういう広がりを持った本であると理解いただければと。 pic.twitter.com/OsQ7fJMKIJ
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posted at 15:25:23
保健所も苦労されてるようですが、コロナ療養終了後の職場復帰時のPCR検査を命じるのは全く無駄なのでやめましょう。感染性もないのにウイルス断片拾って1ヶ月以上陽性に出続けることはザラですので検査の意味がありません。
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posted at 16:55:29
AppDesigner で対話的なオーディオアプリを作るのが流行っているようなので、以前WORLDの直感的な紹介用に作った声質変換デモを載せてみます。こういうものをサクッと作れるので大変便利です（動画の元音声はJVSコーパスより） pic.twitter.com/XUFrvuygvy
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posted at 17:07:21
「こういう問題(人を追いかける問題)はまず何をすればいい？」
「…そうだよな。まず"はじき"を書かなきゃいけないよな」
から始まる解説をしている隣に座って、別の子に対応しているときの気持ちを簡潔に述べよ。(140字)
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posted at 17:10:12
今日は本気で怒った。
患者さんの一人が「反ワクチンを読んで家族全員打っていない」というのだ。
高齢糖尿病でインスリンを打っているハイリスクの方だ。
どう思うか？と聞かれたのでありのままを答えた。その方は打とうか悩む所まで説得できたが、家族には説明できないという。
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posted at 17:34:36
その方はゴルフグループからも「貴方がかかるといけないから一緒に回れない」と言われて、仲間も失ったと。本の受け売りで「ワクチンを打った人が感染を広げる」というから余計揉めたそうだ。
本を出すのは自由。ただ、そのせいで多くの人が苦しみ、場合によっては命を落とす事、決して許せない。
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posted at 17:34:37
@genkuroki @usazo 教えていただきありがとうございます。
Julia は学び始めてまだ数ヶ月なので，わからないところが多くあります。私は主に多倍長演算を行っているので，その限りにでは余り困りません。
私も東北大に在籍していたことがありますので，黒木先生のお名前は存じ上げていました。
これからもよろしく。
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posted at 18:27:56
ファイザーの治験に参加した44000人のその後のデータです。
当初は96%の発症予防効果がありましたが、4ヶ月後以降の発症予防効果は83%まで低下したとのことです。
（δ株蔓延前のデータ）
確かに経時的に感染・発症予防効果は弱まりますが、従来考えられていたほど急激な低下ではなさそうです。 twitter.com/EricTopol/stat...
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posted at 19:50:55
冒頭から堀内さんの挫折体験が語られていて、ひりひりします。意外にぼくも「出演」していてびっくり。今なら違った言い方する部分も結構あるなあと思いつつ、その時の状況がリアルに蘇ります。PTA問題ってそういう、自分が置かれていた状況と一緒にトラウマチックに記憶されているもんですね。
タグ：
posted at 19:55:45
How to deactivate a cat (with science)
[source: buff.ly/357RhnI]
[the science behind a safe maneuver: bit.ly/2GmEDmh]
[latest developments, probably not the best technique: buff.ly/3Cgyogu] pic.twitter.com/LbwjfQUe1B
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posted at 20:00:01
@kyuushinP @zenbuhomoninare これニッポンドリルでやってましたね❣️うちの子は安い抹茶アイスに粉茶入れて楽しんでます。抹茶が濃くなって美味しいそうです。
タグ：
posted at 20:16:00
Porting simulation codes from #Python to #JuliaLang, really enjoying working with github.com/JuliaGPU/CUDA.jl so far
posted at 20:37:12
#統計 多くの立派な人達が「伝統」に従って軒並みつまらないこと(95%確率ではない的な言説)を書いていることを示す資料として便利そうだったので、ウェブ魚拓をとっておくことにした。
tjo.hatenablog.com/entry/2021/07/...
95%信頼区間の「95%」の意味 by TJO (尾崎隆さん)
↓
megalodon.jp/2021-0916-2047...
魚拓
タグ： 統計
posted at 20:54:27
#統計 私が知っている統計学の教科書で、具体例における95%信頼区間の95%が所謂標本分布で測った確率(もしくはその近似値)になっていないものを知らない。
私が基本部分がダメな有名教科書の典型例として引用している『統計学入門』東大出版会もそうなっています。 pic.twitter.com/mbSI3y9GlF
タグ： 統計
posted at 21:15:04
#統計 ある程度以上の科学的訓練を積んでいれば、ひとめでおかしいと思わせるような説明が維持されてしまっている理由は、おそらく、ベイズ統計における95%信用区間に関するひどくミスリーディングな説明とワンセットになっていることが関係しているのだと思います。
twitter.com/genkuroki/stat...
タグ： 統計
posted at 21:29:23
#統計 自分で信頼区間の計算法をコンピュータのプログラムとして実装したり、対数尤度函数が凸性を持たない場合の最尤法の実装をやったことがある人であれば、「ベイズ法の方が楽じゃね？」と感じると思う。
ベイズ法にはそういう利点もあります。 twitter.com/genkuroki/stat...
タグ： 統計
posted at 22:53:36
「偶然当たったのかもしれないから、✕」
VS
「わかっているかもしれないから、〇」
この判断基準が、自分の教えた通りの式か否かって、どういうロジックなのか、私の脳では理解できないんですが…
タグ：
posted at 23:51:41
